Отец Василия, Иван Дмитриевич Шемякин, в 1454 году вынужден был бежать в Литву, где получил «в кормление» от Казимира IV Рыльск и Новгород-Северск, которые перешли и к сыну его. Когда в Литве подняли гонение на православную веру, в 1500 году обратился к великому князю московскому с просьбой принять его к себе «в службу и с вотчинами», на что Иван III дал согласие. Массовый переход русских князей из литовского в подданство Москвы послужило причиной новой войны.
Летом 1497 г. польский король Ян I Ольбрахт, задумал поход на Молдавию против господаря Стефана Великого, как ответ на сожжение им Брацлава. В походе намеревался принять участие и Великий князь Литовский Александр Казимирович. Молдавский правитель был союзником Ивана III, поэтому узнав об этом, 19 августа Иван III послал в Литву послов П. Г. Заболоцкого и Ивана Волка Курицына с требованием не нарушать мирного договора, кроме того походу противодействовали местные феодалы, поэтому Александр вернулся обратно, но отправил с Ольбрахтом С. П. Кишку, князей С. И. Стародубского и В. И. Шемячича. Осада молдавской столицы Сучавы закончилась в конце октября поражением польских войск. Сам король укрылся у русских князей, которые в бою так и не участвовали.
В апреле 1500 года князь Василий Иванович вместе с князем Семёном Ивановичем Стародубским направили к Ивану III гонца с известием, что хотят перейти на службу к нему вместе с своими волостями. Незадолго до этого на сторону Ивана III перешёл князь Семён Иванович Бельский с вотчиной, города Мценск и Серпейск. Все переходы мотивировались гонениями на православную веру. Эти события вызвали Русско-Литовскую войну. 8 мая из Москвы двинулся с войсками Яков Захарьич, который вскоре взял Брянск, а затем привел северских князей к крестному целованию. Князья Семен и Василий перешли на сторону Ивана III вместе с огромными владениями. В хронике Быховца дополнительно указывается, что эти князья давно вели переговоры о переходе. В уделах князей Васия и Семёна переход на сторону Москвы был принят с воодушевлением, сопротивление практически не оказывалось. В середине лета основным событием войны стала победа московских войск при Ведроши 14 июля 1500 г. 6 августа 1500 г. войска Якова Захарьича, северских князей Василия и Семена и Мухаммед-Эмина взяли г. Путивль, пленив наместника города князя Богдана Глинского. В 1501 году особенно значительных событий не было, 4 ноября северские князья безуспешно осаждали Мстиславль, при этом было убито до 7 тыс. литовцев. В 1502 году князь Василий участвовал в осаде Смоленска, общее командование осуществлял младший (20 лет) царский сын Дмитрий Иванович Жилка, видимо в войсках сказывадлось отсутствие твердой руки. Сообщалось, что многие отряды рассеялись по окрестностям раззоряя и мародерствуя. Осада окончилась неудачей. В ходе мирных переговоров зимой 1502—1503 года литовская сторона настаивала на возвращении Литве Северских земель, Иван III отказывался их вернуть, поэтому переговоры закончидись перемирием на основе существующего положения. Северские земли остались под властью Москвы, хотя Литва это и признала.
В 1509 году между великим князем Василием III и польским королем Сигизмундом I состоялся мирный договор, по которому Шемячич, в числе других князей, перешедших на московскую сторону, написан в сторону великого князя московского, то есть в число «служебных» московских князей. Стародубский князь Василий Семенович донес на Василия, что он сносится с Литвой, но Василию Ивановичу удалось оправдаться. В 1523 году на него опять пали подозрения в измене; он явился в Москву, был сначала обласкан, а 12 мая 1525 года заключен под стражу; у его княгини, привезенной в Москву, отняты были все боярыни, составлявшие её двор. Дело Шемячича считалось тогда делом крупным; о нём говорит в своих записках и Сигизмунд фон Герберштейн. В самой Москве были партии за и против Шемячича. Князь Андрей Михайлович Курбский также вспоминает об этом деле и говорит в пользу «последнего удельного князя на Руси». Василий скончался в заточении в 1529 году.
Шемячич имел сына Ивана, умершего в 1561 года иноком Троице-Сергиева монастыря.
По другому источнику (Широкорад А. Б.) жена, сын и две дочери Василия Шемячича были насильно пострижены в монахини и сосланы в Каргополь.