С 1948 по 1951 год обучался в Одесской духовной семинарии, после окончания которой поступил в Ленинградскую духовную академию.
20 марта 1955 года был рукоположён в сан диакона митрополитом Ленинградским и Новгородским Григорием (Чуковым) в Николо-Богоявленском соборе Ленинграда.
5 июня того же года был рукоположён в сан пресвитера.
В 1955 году окончил Ленинградскую духовную академию со степенью кандидата богословия за диссертацию на тему: «Ю. И. Венелин и его значение в деле возрождения болгар». Был оставлен в академии на преподавательской работе.
В 1956 Василию Стойкову было присвоено звание доцента, а в 1972 он был назначен секретарём Учёного совета академии.
В 1975 году Василий Стойков получил звание профессора богословия.
В 1976 назначен исполняющим обязанности инспектора.
В 1983—1987 годах вступил в должность настоятеля Князь-Владимирского собора Ленинграда.
С 1987 по 1990 годы — исполняющий обязанности проректора по учебной работе Ленинградской духовной академии.
В 1990 году утверждён в должности проректора.
C августа 1992 года по июль 1996 года исполнял обязанности, а 19 июля 1996 года был утверждён в должности ректора Санкт-Петербургской Духовной академии.
В 1996 году Василию Стойкову было присвоено звание заслуженного профессора, а также академика Академии Гуманитарных Наук, он был назначен проректором СПбДАиС по учебной работе.
В настоящее время является также настоятелем храма святителя Иоанна Милостивого в городе Отрадное.