Родился в 28 августа 1893 года в семье священника в деревне Сметанино Вельского уезда Вологодской губернии (ныне Вельский район Архангельской области). В 1917 году закончил медицинский факультет Томского университета. После получения диплома вернулся на Вологодчину и стал служить участковым земским врачом Панфиловской больницы Грязовецкого уезда. После революции назначен помощником начальника эвакопункта Северного флота. В 1921 году организовал в Вологде станцию скорой помощи. С 1923 года работал заместителем заведующего горздравотделом и главным санитарным врачом города Вологды. В 1931 году назначен директором Вологодского института эпидемиологии и бактериологии. Разработал и внедрил первый в СССР прибор для получения хлорированной воды. В 1943 году ему было присвоено звание «Заслуженный врач РСФСР». Награжден орденами «Трудового Красного Знамени» и «Знак почёта».
После войны занимался исследованием минеральных источников в окрестностях Вологды. Опубликовал более 40 научных работ на эту тему. В 1959 году им была основана вологодская бальнеологическая лечебница, которой впоследствии было присвоено его имя.
За научное исследование вод Лебедев получил кандидатскую степень и учёное звание доцента. В 1964 году первым в советский период он удостоился звания «Почётный гражданин города Вологды». Умер в Вологде в 1969 году. Похоронен на Пошехонском кладбище.
Вторая бальнеолечебница, основанная им, «Новый источник», открылась в 1982 году, уже после его смерти. В его честь проводятся научные «Лебедевские чтения».