Родился в семье священника. Окончил Архангельское духовное училище, Архангельскую духовную семинарию (1894), Санкт-Петербургскую духовную академию со степенью кандидата богословия (1898). Магистр богословия (1908; тема диссертации — «Афанасий, архиепископ Холмогорский. Его жизнь и труды в связи с историей Холмогорской епархии за первые двадцать лет ее существования и вообще Русской Церкви в конце XVII века»). Доктор церковной истории (1951; тема диссертации: «Болгарский народ под греческой церковной властью преимущественно в XIX веке. Происхождение греко-болгарского вопроса и болгарской схизмы»).
В 1927, после издания Декларации Заместителя Патриаршего местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского), содержавшей далеко идущие уступки советской власти, протоиерей Василий Верюжский стал одним из основных её противников в среде ленинградского духовенства, письменно обратился к митрополиту Сергию с просьбой «отказаться от намечающегося курса порабощения Церкви государством» и пересмотреть основные направления своей церковной политики. После резкого отказа митрополита Сергия от каких-либо уступок своим оппонентам, стал одним из лидеров «иосифлянского» движения, отказавшегося подчиняться Заместителю Патриаршего местоблюстителя. За это 30 декабря 1927 был запрещён в служении епископом Петергофским Николаем (Ярушевичем), но запрещения не признал. Ранее в том же году, когда конфликт ещё не достиг такой остроты, епископ Николай хотел назначить протоиерея Верюжского в епархиальный совет, но его кандидатура была отведена ОГПУ как «ярого противника Сергия, сторонника митрополита Иосифа».
В январе 1928 ленинградское управление ОГПУ сообщало, что
3 декабря 1929 был арестован, содержался в одиночной камере, 8 августа 1930 приговорён к 10 годам лишения свободы. Срок отбывал в Свирьском исправительно трудовом лагере. В 1932 оставшийся срок заключения был заменён ссылкой, которую он отбывал в Архангельске, а с 1936 — в Каргополе. По истечении срока ссылки, 3 декабря 1939, ему было разрешено вернуться в Ленинград. Один из немногих видных деятелей «иосифлянства», переживших расстрелы конца 1930-х годов.
В 1946 принёс покаяние и воссоединился с Патриаршей церковью.
Был реабилитирован постановлением ОСО при МГБ СССР от 15 марта 1947 года.
С 1951 — профессор и заведующий вновь открытой кафедрой византологии и истории славянских церквей Ленинградской духовной академии.
Сын — Василий Васильевич, архитектор. Находился в заключении в Красноярске, работал в так называемых «шарашках», после освобождения был начальником архитектурно-строительного отдела «СибцветметНИИпроекта», в 1960—1970 — председатель Красноярского отделения Союза архитекторов. В 1952 по его проекту в городе Фрунзе был построен Воскресенский собор.