Родился в 1902 году, в селе Успенка Рыбинского района Красноярского края, в крестьянской семье. Окончил пять классов, крестьянствовал. С 1924 по 1926 год служил в Красной Армии, затем, окончив агрономические курсы, работал агрономом в колхозе.
В августе 1941 года вновь был призван в армию Рыбинским РВК. На фронтах Великой Отечественной войны с января 1942 года.
Командир роты 1258—го стрелкового полка 378-й стрелковой дивизии (4-я ударной армии, 1-й Приболтийский фронт), капитан Василий Никитович Прохоров, отличился при форсировании реки Венты в районе хутора Зирнайи, Салдусского района Латвийской ССР, 23 ноября 1944 года. В бою за плацдарм был смертельно ранен.
Похоронен на хуторе Гобас Салдусского района Латвийской ССР.
Именем Героя были названы улицы в городе Заозёрном, селе Успенка.