Окончил Киевскую духовную академию. Магистр богословия (диссертация «Исследование Златоструя по рукописи XII в. Императорской публичной библиотеки», 1878), доктор русской словесности (диссертация «Старец Елеазарова монастыря Филофей и его послания», 1901). Преподавал в Киевской духовной академии, Университете святого Владимира и на высших женских курсах.
Опубликовал в Киеве ряд критических брошюр о русской литературе XIX века, в том числе «Характеристика поэзии Жуковского» (1883), «Поэзия Пушкина» (1887), «С. Я. Надсон, как поэт» (1892), «Д. И. Фонвизин, как автор комедий» (1892), «Н. В. Гоголь, как этический писатель» (1902); «Ф. М. Достоевский, особенности и развитие его дарования и творчества» (1906); «Задачи художественного творчества Н. В. Гоголь» (1911). В «Трудах Киевской духовной академии» напечатал исследования «Житие и хожение Даниила руськыя земли игумена» (1884, № 1); «Владимир святой, как просветитель России» (1886, № 12); «Старец Елеазарова монастыря Филофей и его послание к царю и великому князю Ивану Васильевичу» (1888, № 5). Среди других работ Малинина — «Общая характеристика развития русской словесности и отношение словесности устной к письменной» (Киев, 1885), «Кирилл и Мефодий, апостолы славян» (Киев, 1885), «Воззрения русского народа на личность царя в былевой поэзии» (Киев, 1890).