Родился в 1779 году и был сыном художника. Он рано остался без родителей и в 1786 году был принят на казенный счёт в гимназию при Императорской Академии Наук, в которой проучился 12 лет, но не закончил курса, а поступил на службу в цензурное ведомство, одновременно учительствуя в немецкой школе Св. Петра, где преподавал русский язык и литературу.
В 1797 году определился на службу в Санкт-Петербургскую Цензуру, откуда в декабре 1802 году поступил в комиссию составления законов, где пробыл до августа 1811 года, сначала в должности помощника редактора во 2-ой Экспедиции, а потом (с 1809 года) — начальника архива комиссии.
18-го июня 1812 года Попугаев перешёл на службу в Экспедицию Путей Сообщения, где сначала исполнял должность столоначальника разряда сухопутных сообщений, а затем (с 1816 года) был переводчиком в Канцелярии Главного Управления.
Точных сведений о дальнейшей его жизни не сохранилось; по воспоминаниям Н. И. Греча, Попугаев умер в 1816 году и, будто бы, в Твери. По словам того же Греча, Попугаев был «пламенный, эксцентрический поэт, неистовый друг правды и гонитель зла, непостоянный, вспыльчивый, благородный и простодушный», служивший нередко «предметом насмешек со стороны людей, не понимавших и не стоивших его».
Литературная деятельность Василия Попугаева была непродолжительна (10—12 лет), но, несмотря на это и на скромные ее размеры, Попугаев, как писатель, личность весьма любопытная: он один из немногих, но ярких выразителей того политического направления, которое зародилось у нас при Екатерине II, не успело заглохнуть при Павле и с новой силой пробивалось в литературу и жизнь в начале царствования Александра I. Не будем останавливаться на первых литературных опытах Попугаева — его повести «Аптекарский Остров, или бедствия любви» (СПб. 1800) и на той группе его сентиментальных стихотворений, в которых он заявил себя Карамзинистом, и которые ничем не отличают его от множества современных ему поэтов.
Из трудов Попугаева находится в отдельном издании повесть «Аптекарский Остров, или бедствия любви» (СПб. 1800), а также сборник стихотворений под названием «Минуты Муз» (СПб. 1801, кн. I; второй, кажется, не выходило). Так как литературная деятельность Попугаева тесно связана с историей Вольного Общества любителей словесности, наук и художеств, то в изданиях и делах этого Общества (а отчасти и в изданиях некоторых членов Общества) и следует искать его произведений. Так, в и и II кн. «Свитка Муз» (СПб. 1802 и 1808 г.) находим несколько стихотворений Попугаева, из которых обращают на себя внимание: «Пигмалион», «Стихи на случай великодушного поступка Ангерстейна», «Письмо к Борну», «К друзьям»; кроме того, в «Периодическом Издании Вольного Общества Люб. Словесности, Наук и Художеств» (ч. I., СПб. 1804) Попугаев поместил несколько стихотворных и прозаических произведений; из последних отметим: «Негр» (выдан за перевод с испанского), «Достоинство старого воспитания в России», «О политическом просвещении вообще», «О публичном общественном воспитании и влиянии оного на политическое просвещение», «О постепенности Училищ и соображении с сей постепенностью политических предметов воспитания», «Об истории, как предмете политического воспитания», «Заключение о преподавании в общественном воспитании других отраслей наук»; затем, в журнале члена Общества Н. Ф. Остолопова — «Любитель словесности», 1806 г., III, помещены его «Русские анекдоты» (историч.); в сборнике члена Общества Бенитцкого — «Талия» (1807 г.) — несколько стихотворений. Наконец, несколько произведений П. сохранились в рукописи, иные мы знаем лишь по заглавиям, уцелевшим в архиве Общества; из ненапечатанных произведений П. следует отметить его переводы из Вольнея, Филанджиери, Макиавелли, Тацита и др. («Общий план законоположения», «О влиянии просвещения на законы и правление», «О феодальном правлении», «Юридическое рассуждение о умерщвлении младенцев», «О монархии» и мн. др.); оригинальные сочинения: «Спартанцы», «Несчастное семейство», «О поэзии», «Рассуждение о цветах радуги», «Опыт о благоденствии народных обществ» и др.
Деятельность его с момента вступления его в члены им и отчасти по его же мысли основанного «Общества любителей изящного», открывшего свои заседания 15-го июля 1801 года, два года спустя официально утвержденного под названием «Санкт-Петербургского Вольного Общества любителей словесности, наук и художеств».
Общество это на первых порах имело в виду преследовать цели исключительно самообразовательные, но вкусы основателей его — Ивана Борна и в особенности Василия Попугаева — скоро придали занятиям общества некоторый специфический характер: интересы чисто литературные должны были скоро уступить место социально-политическим, причём и литературная струя принимала зачастую политическую окраску. Душой этого Общества в первые годы его существования был Попугаев: он был первым его секретарём, цензором, представителем, вербовавшим новых членов, самым усердным докладчиком и сотрудником изданий Общества. Личность, без сомнения, даровитая энергичная, с значительной эрудицией, Попугаев, по верному замечанию Греча, «вдохновенный самыми чистыми намерениями, равнодушный к суждениям света и житейским отношениям, бросался во все стороны, начинал многое и не кончил ничего». Он начал усердно упражняться в писании стихов легкого и серьёзного содержания и повестей, но постепенно перешёл к публицистическим рассуждениям; изучал и переводил западных философов и юристов, занимался филологией, историей, наконец, физикой; писал доклады и статьи по всем названным предметам.
По следам, оставленным Попугаевым в литературе и в делах Общества, можно составить о нём довольно определенное представление. Это был человек серьезного ума, строгий к себе и другим, страстный, увлекавшийся, воспитывавший себя на литературе французских теоретиков — «вольнодумцев» XVIII века и сам ставший «вольнодумцем»: его идеалом общественного устройства была древняя республиканская Спарта, со всеми ее суровыми установлениями, особенно по части воспитания; самым дорогим для него званием было «титло гражданина»; лучшим богатством — личная свобода; наибольшим злом он считал бездеятельность, честолюбие, тиранию и рабство. Все эти взгляды ясно, а порой и резко Попугаев успел высказать и в своих страстных стихотворениях на «гражданские мотивы». Как и прочие сотрудники Общества, он приветствовал новое царствование, обещавшее покровительствовать «просвещению», но не упускал случая напомнить, что сильные должны «блюсти законы», «хранить счастие людей», «шествовать стезями правды», заботиться о мирном развитии государства, ибо «где крови лавр, — там терн и ель»; кроме того, в стихах его постоянно слышится призыв к общественной деятельности, просвещению, гуманности. Но всего резче гражданские идеалы Попугаева сказались в его речах перед Обществом, в докладах и статьях, — например в ряде статей под общим заглавием: «О политическом просвещении» и из последних особенно в статье «О публичном общественном воспитании и влиянии оного на политическое просвещение» где Попугаев проводит идею об объединении, путём воспитания, интересов разных классов общества, о настоятельной необходимости искоренить эгоистические и сословные предрассудки и воспитать в молодом поколении будущих граждан сознание святости общенародной пользы. В вопросе о воспитании, который усердно трактовался в то время в обществе вообще, а в частности сочленами Попугаева, последний держится следующих убеждений: «граждане могут жить, как им угодно, но просвещаться в одних Правлением (то есть правительством) признанных и утвержденных местах»; «общественное воспитание», по образцу Спарты, должно быть предпочтено перед «семейственным»; «всякому гражданину необходимо знать отношения и обязанности, связующие его с обществом: обычаи, законы и права суть первая и основная связь политических обществ и политики», посему изучение законов и истории должно быть поставлено на первом месте в деле воспитания; но история, как предмет воспитания, должна служить не столько наукой, обогащающей ум фактами прошлой жизни, порою, сведениями о «делах обыкновенных», но она должна быть преподаваема в «философическом духе», она должна быть «полезна для граждан единой нравственностью»; словом, «история должна быть зерцало дел великих, которая бы, как в картине, представляла питомцам бессмертия образцы для подражания и средства достигнуть до славы, ими предполагаемой или превзойти оную». Что касается политических убеждений Попугаева — следует отметить, что он сочувствовал космополитизму; он готов был «любить, как братьев, все народы», но это не мешало ему быть пламенным патриотом с явными демократическими тенденциями. Ненавидя рабство и воспевая в своих стихах вольность, он пишет повесть «Негр», в которой объявляет, что «воля не есть продажная и никакой тиран ею располагать не должен», восхваляет спартанцев и героев древности — борцов за свободу личности, пишет доклад «об участи земледельцев», в котором обрушивается на крепостничество, составляет в 2-х частях «Опыт о благоденствии народных обществ», который предлагает Обществу для издания; впрочем, члены почти единогласно нашли, что тон статьи слишком резок, даже и для того времени, когда «само правительство, сам Государь у нас занимался способами облегчения участи земледельцев»; наконец, следует упомянуть, что Попугаев был одним из горячих поклонников Радищева, память которого свято чтилась членами Общества; он же первый подал мысль (много обсуждавшуюся членами Общества, но не осуществленную) о сооружении памятника Минину и Пожарскому…
Конечно, молодость и горячность, а также и благоприятные условия первых годов царствования императора Александра I-го придавали Попугаеву смелость, но дело ограничилось одними словами. Широкие идеи, долженствовавшие «породить новый свет», новые взгляды на вещи и обновить общественный организм, сгубили Попугаева: он скоро впал в противоречия, к которым его привели, с одной стороны, туманные и разноречивые теории XVIII в., с другой — отсутствие опытности и увлекающийся темперамент. Самое Общество, в котором стали возникать одно за другим различные недоразумения, и направление деятельности которого, данное Борном и Пниным, заменялось направлением чисто литературным, поворот в направлении мнений Александра I — все это не могло не ослабить энергии Попугаева. С одной стороны, не желая мириться с новым течением дел Общества, с другой — не чувствуя в себе достаточно сил на борьбу, Попугаев оставил Общество (в марте 1811) и, кажется, прекратил совсем свои литературные занятия, к коим мало-помалу охладевал и до сего момента.
С уходом Попугаева из Общества, последнее потеряло и многих других талантливых сотрудников, — между прочим и второго основателя его — И. М. Борна.