Родился в крестьянской семье, окончил сельскую школу. С 1886 был певчим в церковном хоре.
С 1892 года жил в Перми, был пострижен в монашество, возведён в сан иеродиакона, затем иеромонаха.
С 1904 года — настоятель Богородице-Одигитриевского чувашского мужского монастыря, игумен. Занимался просветительской деятельностью среди чувашей, при нём в обители был построен каменный храм.
С 1915 года — благочинный монастырей 2-го округа Пермской епархии, архимандрит. В 1917 года был уволен от управления монастырём, остался в нём жить на покое. После разграбления монастыря жил в Георгиевском женском монастыре («Святые кустики») в Бирском уезде (1918—1923).
В 1923 году тайно хиротонисан православными епископами (по благословению владыки Андрея (Ухтомского) во епископа Байкинского, викария Уфимской епархии. Выступал против обновленческого движения, посвящал в священники крестьян, писал воззвания к верующим. Негативно отнёсся к новым тайным хиротониям епископов для Уфимской епархии, которые были проведены владыкой Андреем (Ухтомским) в 1926 году. В 1926 ушёл на покой, жил в Георгиевском монастыре (преобразованном в «сельхозартель»), с 1928 года — в селе Байки, периодически служил в местном храме.
14 ноября 1929 года был арестован по обвинению в том, что после переезда в Байки «усердно занялся восстановлением религиозных чувств среди крестьянства», что привело к «срыву коллективизации». Виновным себя не признал. 26 февраля 1930 году тройка при полномочном представительстве ОГПУ в БАССР приговорила его к пяти годам лагерей с заменой на тот же срок ссылки в Северный край.
7 апреля 1934 был досрочно освобождён из ссылки по инвалидности. Дальнейшие достоверные сведения о нём отсутствуют. Сообщение митрополита Мануила (Лемешевского) о том, что епископ Вениамин был жив ещё в 1956 года и проживал в это время в Якутии, видимо, является апокрифическим.