Родился в семье священника. Окончил Яранское духовное училище, Вятскую духовную семинарию. Учился в Казанской духовной академии, которую не закончил из-за начавшейся гражданской войны. Во время учёбы был близок к архимандриту, позднее епископу Гурию (Степанову). Окончил Московскую духовную академию со степенью кандидата богословия (1922; тема кандидатской работы: «Жизнь и учение преподобного Григория Синаита»). В этот период академия действовала неофициально, иеромонах Вениамин посещал занятия, которые проводились в Свято-Даниловом монастыре.
Магистр богословия (1948; тема диссертации: «Божественная любовь по учению Библии и Православной Церкви. (Опыт раскрытия нравственной стороны православно-христианского догмата веры из начала любви)»).
С юности интересовался монашеской жизнью. В апреле 1920 был пострижен в монашество епископом Гурием (Степановым) в Свято-Даниловом монастыре в Москве. В том же году был возведён в сан иеродиакона и иеромонаха. С апреля 1923 — архимандрит, наместник Покровского монастыря в Москве (настоятелем монастыря был епископ Гурий), был известен как духовник и талантливый проповедник. В «Дневнике инока» (опубликованном посмертно) писал о многочисленных проблемах, с которыми столкнулся в те годы, о действиях властей против монастыря:
28 октября 1929 года был арестован, обвинён в нелегальном преподавании детям Закона Божия, 23 ноября того же года приговорён к трём годам лишения свободы, находился в лагере в районе Медвежьегорска. В 1932—1938 — внештатный священник в церкви великомученика Никиты во Владимире, в храме исполнял обязанности псаломщика, а литургию служил тайно на дому. 15 июня 1938 был вновь арестован, обвинён в антисоветской агитации и в членстве в контрреволюционной организации, под пытками был вынужден признать вину. 31 июля 1939 приговорён к восьми годам лишения свободы, находился в заключении в Устьвымлаге.
15 июня 1946 года освобождён, с июля 1946 жил в братстве Троице-Сергиевой лавры. С 1946 — преподаватель, с 1947 — доцент, в 1948—1949 — профессор по кафедре патрологии и инспектор Московской духовной академии. Также преподавал апологетику, пастырское богословие, догматику и литургику, много проповедовал. Защитил магистерскую диссертацию, подготовленную им ещё до ареста.
10 февраля 1949 был арестован в последний раз, обвинён в участии в антисоветской организации (п материалам ещё довоенного дела). 15 апреля 1949 выслан на поселение в Казахстан. Первоначально работал сторожем в колхозе в районе города Джамбул, затем получил разрешение поселиться в этом городе, где был священником Успенской церкви.
В 1954 году освобождён из ссылки и назначен настоятелем Ильинской церкви в Серпухове.
С 4 февраля 1955 года — епископ Саратовский и Балашовский. Несмотря на тяжёлую болезнь, часто служил и проповедовал, пользовался большой популярностью среди прихожан. Похоронен на Воскресенском кладбище Саратова; ежегодно в годовщину его смерти у могилы собираются верующие, служатся панихиды и литии. Существует народное почитание покойного архиерея, многие прихожане уверены в его святости.