Выходец из дворянской семьи, племянник (по материнской линии) фельдмаршала Вальтера фон Браухича. Отец, Ганс фон Хафтен, служил сотрудником, а затем президентом Имперского архива. Брат Ганс Бернд фон Хафтен (1905—1944) служил в министерстве иностранных дел, как и Вернер, был казнён за участие в заговоре против Гитлера. Братья с юности были знакомы с будущим полковником и участником антинацистского сопротивления Альбрехтом риттером Мерцем фон Квирнхаймом.
Получил юридическое образование в Берлинском университете, работал синдиком (юрисконсультом) в Гамбургском банке. Братьев Хафтенов связывала духовная близость с одним из видных деятелей антинацистского движения пастором Мартином Нимёллером. После начала Второй мировой войны вступил в вермахт, был произведён в офицеры, участвовал в боевых действиях на Восточном фронте. После тяжёлого ранения обер-лейтенант Вернер фон Хефтен в ноябре 1943 был прикомандирован к Общевойсковому управлению сухопутных войск, был офицером-порученцем при начальнике штаба Общевойскового управления Верховного командования сухопутных войск Клаусе фон Штауффенберге. Сохранил эту должность и после перевода Штауффенберга 1 июля 1944 на пост начальника штаба резервной армии.
Присоединился к заговору против Гитлера. 20 июля 1944 сопровождал Штауффенберга во время его поездки в Ставку фюрера. После покушения вместе со Штауффенбергом вылетел в Берлин, находился вместе с ним в течение всего дня, вплоть до подавления заговора. Был арестован поздно вечером 20 июля лояльными Гитлеру офицерами.
По приказу командующего армией резерва генерала Фридриха Фромма расстрелян вместе со Штауффенбергом, Фридрихом Ольбрихтом и Альбрехтом Мерцем фон Квирнхаймом. Их тела были захоронены на кладбище церкви Святого Маттиаса в Берлине. Но затем Гитлер приказал вырыть трупы, кремировать их и останки развеять по ветру, что и было исполнено.