Отец Вернера Радбот скончался в 1045 году. Его сыновья Вернер I, Оттон I и Альбрехт I поделили между собой графство Габсбург и некоторые дргие владения отца. Все трое носили титул графов Габсбург. Вернер I был младшим сыном, однако о его братьях сохранилось значительно меньше упоминаний. Около 1055 года или раннее Оттон был убит, а Альбрехт скончался еще раньше этого.
В 1076—1080 годах Вернер поддержал папу римского Григория VII и герцога Швабии Рудольфа Рейнфельденского в их борьбе с императором Священной Римской империи Генрихом IV, а затем против избрания Климента III антипапой.
В 1082 году Вернер отрёкся от графства Габсбург в пользу своих сыновей Оттона II и Альбрехта II, разделивших графство между собой, а сам стал управлять аббатством в Мури, где с помощью монахов из монастыря в Санкт-Блазене реформировал старые монастырские обычаи. Вернер скончался через двенадцать лет после отречения от власти, в 1096 году.
Жена: Регинлинда, графиня Баден.