Отец Вернера Оттон II был убит в 1111 году. Его брат Альбрехт II, поделивший с ним раннее землями, в то время правил частью графства Габсбург, а территория, которой владел Оттон, перешла к Вернеру II. Сам Альбрехт не имел детей, и когда он скончался в 1140 году, Вернер II наследовал ему в части графства, вновь его объединив.
В 1135 году Вернер II стал ландграфом Верхнего Эльзаса, где он обладал обширными поместьями, куда входило аббатство Мури, входившее в состав округов Люцерна. Вернер умер в Италии, близ Рима, когда в императорской армии после битвы при Тускулуме вспыхнула эпидемия чумы. Графом Габсбург и ландграфом верхнего Эльзаса стал сын Вернера Альбрехт III Богатый.
Жена: Ида, графиня Штаркенберг.