Родился в Москве. Отец его, литовец из Каунаса, преподавал математику в гимназии. Окончил математический факультет МГУ, после чего служил акцизным (налоговым) чиновником. Затем оставил службу и с 1914 года стал ответственным секретарем и «заведующим коммерческой частью» издательства «Мусагет». Вёл переговоры об издании сочинений с А. Блоком, который за 1915—1917 годах написал В. В. Пашуканису 14 писем. В мае 1915 года, когда главный редактор «Мусагета» Э. К. Метнер, которого война застала в Цюрихе, оказался оторванным от России и издательства, В. Пашуканис предложил реорганизовать издательство, однако полной поддержки не получил.
В 1915 году организовал собственное издательство, которое до 1918 года выпускало книги с логотипом «Издание В. В. Пашуканиса». Был одним из основных издателей Игоря Северянина, выпускал также К. Бальмонта, А. Белого. Книги издательства Пашуканиса отличало качество и изящество оформления.
В 1918 году стал сотрудником Музейного отдела наркомата Просвещения. В качестве эмиссара Музейного отдела занимался оценкой произведений искусств в поместьях российской знати. Спас от расхищения художественные сокровища Радзивиллов около Бобруйска, Гомельский дворец графа И. Ф. Паскевича-Эриванского.
Был арестован в конце 1919 года по обвинению в контрреволюционной деятельности. Несмотря на хлопоты Н. И. Троцкой (жены Л. Д. Троцкого) постановлением тройки ВЧК от 13 января 1920 года был приговорён к расстрелу. Впоследствии реабилитирован (посмертно).
Телерадиокомпания «Гомель» в 2005 году сняла документальный фильм «Трагедия Викентия Пашуканиса» (26 мин).
Двоюродный брат В. В. Пашуканиса — Евгений Брониславович Пашуканис — заместитель Наркома юстиции СССР, видный теоретик государства и права.