В революционном движении с 1905 года, член РСДРП(б) — с 1906.
Окончил Петроградский Императорский университет в 1917.
В 1907—1914 годах вёл партийную работу в Петербурге, Таллине; участвовал в издании большевистской газеты «Кийр» («Луч») в 1913—1914, поддерживал связь с Русским бюро ЦК РСДРП, с большевистской фракцией 4-й Государственной думы и с «Правдой».
После Февральской революции 1917 вернулся в Петроград; с начала июня в Таллине, один из руководителей большевистской организации Эстонии. С 22 октября (4 ноября) 1917 заместитель председателя ВРК Эстляндского края, организовывал Красную Гвардию. С 26 октября (8 ноября) 1917 член Исполкома Советов Эстляндского края.
С марта 1918 года работал в Москве в Верховном ревтрибунале РСФСР и в ВЧК:
В марте 1918 на 4-м Всероссийском съезде Советов был избран членом ВЦИК.
С ноября 1918 находится на подпольной работе в Эстонии, руководил Коммунистической партией. На 1-м (1920) и 2-м (1921) съездах КП Эстонии избирался членом ЦК и членом Политбюро ЦК, создавал подпольные типографии, выпускал газету «Коммунист». Арестован полицией 3 мая 1922 года и по приговору военно-полевого суда по статье за измену родине расстрелян в ночь на 4 мая.
От первого брака имел двух сыновей, один из которых — Сергей Кингисепп (1909—29 августа 1941), занимавший в период 1940—1941 должности начальника 3-го особого отдела НКВД Эстонской ССР и заместителя наркома НКВД ЭССР, а также являвшийся кандидатом в члены ЦК Коммунистической партии Эстонии. Международная комиссия по расследованию преступлений против человечности под эгидой Президента Эстонии (т. н. комиссия Макса Якобсона — по имени возглавлявшего её финского журналиста и бывшего дипломата Макса Якобсона) назвала Сергея Кингисеппа одним из непосредственных организаторов арестов и расстрелов жителей Эстонии в период с августа 1940 года по август 1941 года.
После расторжения первого брака в 1910 году Кингисепп женился во второй раз. По другим данным, Кингисепп женился во второй раз в 1918 году в Петрограде на Эльзе Лелль-Кингисепп.
Находясь на нелегальном положении в Таллине в последние два года жизни состоял в гражданском браке со своей соратницей по подполью Алисе Леэвальд (в замужестве — Стейн-Анвельт), позже вышедшей замуж за видного деятеля Компартии Эстонии Яана Анвельта.
Почтовая марка СССР, 1950 год
Почтовая марка СССР, 1988 год