Начало войны встретил в звании бригадного комиссара. Служил в составе 11-й гвардейской армии. Приказом от 19 сентября 1944 года № 1254 произведён в генерал-майор интендантской службы.
Участвовал в Восточно-Прусской операции и Штурме Кёнигсберга (6-9 апреля 1945) в качестве второго члена Военного Совета 11-й гвардейской армии.
В июля 1945 года прекратили существование управления фронтами и в районе Кёнигсберга был образован Особый военный кёнигсбергский округ во главе с генералом Галицким.
9 июля 1945 приказом генерала К. Н. Галицкого из компетенции комендатуры Кёнигсберга были изъяты дела гражданского населения и мирной жизни. С этого момента в ведении комендатуры находились дела исключительно военного управления. В связи с этим прекратило существование Временное управление по гражданским делам при коменданте Кенигсберга и начало функционировать Временное гражданское управление при Военном Совете Особого кёнигсбергского военного округа. Начальником управления был назначен Виктор Герасимович Гузий.
В ходе очередного реформирования органов управления округом приказом командующего особым Кенигсбергским военным округом от 19 ноября 1945 года Временное гражданское управление при Военном Совете округа было ликвидировано и вместо него образовано Временное управление по гражданским делам при Военном Совете округа. Начальником управления остался В. Г. Гузий. 7 апреля 1946 года Президиум Верховного Совета СССР издал Указ об образовании на территории г. Кёнигсберга и прилегающих к нему района Кёнигсбергской области и о включении её в состав РСФСР. 25 апреля 1946 года Временное управление по гражданским делам под председательством генерал-майора Гузия провело последнее совещание. На этом деятельность военных организаций по созданию экономических и политических условий образования новой области завершилась. Особый военный округ был расформирован.
За время работы В.Г.Гузия был запущен механический завод и судостроительный завод «Янтарь», 30 сентября открыт главный мемориал города - памятник «1200 гвардейцам». 8 октября открыт аэропорт Девау.
12 ноября 1945 года Временное городское управление по гражданским делам составило справку о численности немецкого населения Кенигсберга. В городе оказалось 60 642 немца, из них мужчин 18 515. Трудоспособных было учтено 29 681 человек, детей — 12 276.
После этого В. Г. Гузий был направлен в Военно-политическую академию. В 1947 году был уволен в запас. Жил в городе Калининграде.