Илюхин был острым критиком политической власти СССР и России начиная с перестройки. В разные годы Илюхин выдвигал обвинения в государственной измене последовательно против трёх президентов СССР и России — Михаила Горбачёва, Бориса Ельцина и Владимира Путина.
В. И. Илюхин родился 1 марта 1949 года в селе Сосновка Кузнецкого района Пензенской области. Окончил Саратовский юридический институт в 1971 году.
Начал трудовую деятельность грузчиком в Кузнецком леспромхозе. Одновременно с обучением в институте работал следователем в Пензенском РОВД. После окончания СЮИ имени Д. И. Курского по специальности юрист-правовед («правоведение») отслужил год срочной службы в Военно-морском флоте на плавбазе подводных лодок Тихоокеанского флота. С 1975 года работал следователем в районной прокуратуре, следователем Пензенской областной прокуратуры, заместителем начальника следственного отдела, начальником отдела, заместителем прокурора Пензенской области. В 1978 году Илюхин вступил в КПСС.
В 1984—1986 гг. занимал пост заместителя прокурора Пензенской области. В 1986—1989 годах работал в Генеральной прокуратуре СССР заместителем начальника главного следственного управления. Принимал участие в расследованиях преступлений военных преступников-нацистов. Работал в «горячих» точках страны, возглавлял спецгруппы по расследованию обстоятельств событий в Армении, Азербайджане, Фергане, Приднестровье и Грузии.
В августе 1989 года Илюхин был назначен начальником управления по надзору за исполнением законов о государственной безопасности, член коллегии прокуратуры и старшим помощник генерального прокурора СССР. В 1990 году Илюхин выступил против следственной группы Гдляна — Иванова с обвинениями в использовании «незаконных методов ведения следствия» и требованием возбудить против участников группы уголовное дело (группа занималась разоблачением партийно-хозяйственной мафии в Узбекистане). «Этих двух людей толпа возвела в ранг великомучеников, а они не мученики, а великие беззаконники», — заявил Илюхин. Однако общественность встала на защиту следователей, а Илюхин после подобных заявлений, по выражению ряда СМИ, прослыл реакционером.
4 ноября 1991 года возбудил против президента СССР Михаила Горбачева уголовное дело по статье 64 УК РСФСР (измена Родине) в связи с нарушением клятвы и Конституции СССР. Через два дня был уволен из Прокуратуры СССР. После ухода из прокуратуры Илюхин работал обозревателем газеты «Правда», был заведующим правовым отделом издания.
В 1993—1994 гг. был сопредседателем Фронта национального спасения. В сентябре—октябре 1993 года Илюхин принял участие в событиях, связанных с противостоянием между парламентом и президентом России. После того как, согласно указу Ельцина, были распущены Верховный Совет и Съезд народных депутатов Российской Федерации, Илюхин собранием народных депутатов, именовавшим себя Х съездом, был назначен прокурором и возбудил уголовное дело «по факту антиконституционных попыток прекращения деятельности съезда народных депутатов, Верховного Совета, законно избранных судебных органов». Находился в здании Верховного Совета России, когда верные президенту войска начали его обстрел (согласно другим сведениям, Илюхин ушел из осажденного Белого дома до начала штурма). 12 декабря 1993 года избран депутатом Государственной думы первого созыва по Первомайскому одномандатному округу № 136 (Пензенская область). В том же году он возглавил общественную комиссию по расследованию антиконституционной деятельности Горбачева. В январе 1994 года избран председателем комитета Государственной думы по безопасности.
11 апреля 1995 года вошел в национальный совет КРО, председателем которого стал Юрий Скоков. В декабре 1995 года избран депутатом Государственной Думы 2-го созыва. Вошел во фракцию КПРФ. 30 января 1996 года избран председателем Комитета Думы по безопасности.
После убийства Льва Рохлина в 1998 году стал председателем Движения в поддержку армии, оборонной промышленности и военной науки (ДПА), которое имеет 76 региональных отделений и объединяет сотни тысяч участников.
В 1999 году был главным обвинителем в процедуре конституционного отрешения от должности президента России, выступил с обвинительной речью перед депутатами Госдумы. До импичмента Б. Н. Ельцина не хватило 17 голосов.
В декабре 2003 года в четвёртый раз избран депутатом Государственной Думы, являлся заместителем председателя комитета Госдумы по безопасности.
Привлекался как эксперт к работе Конституционного суда России, а также комитетов ООН. Работал обозревателем газеты «Правда». Автор многих статей по вопросам внешней и внутренней политики российских властей. Автор и заявитель законов: Уголовный кодекс РФ, Уголовно-исполнительный кодекс РФ, законов «Об оружии», «Об оперативно-розыскной деятельности», «О внешней разведке», «Об органах Федеральной службы безопасности РФ», «О борьбе с терроризмом» и других.
Вёл своё расследование Катынского дела. Отстаивал советскую версию. Летом 2010 выступил с сенсационным заявлением о масштабных фальсификациях исторических документов на высшем уровне во времена Ельцина..
10 февраля 2011 года выступил главным обвинителем на военном трибунале возглавляемого им Общероссийского офицерского собрания, который вынес решение, согласно которому «Владимир Путин в годы своего президентства допустил ряд действий, подпадающих под признаки измены родине», там же он отмечал: «Многие из тех, кто хорошо знает В. Путина, были с ним в сложных ситуациях отмечают в нём жесткость, переходящую в жестокость, определенную мстительность и его злую память, способность „карабкаться наверх“, не стесняясь в выборе средств для достижения цели».
2 марта 2011 года решение трибунала было направлено Илюхиным начальнику следственного управления ФСБ В. М. Терехову и президенту Д. А. Медведеву.
Автор нескольких книг, в том числе «Дело М. Горбачёва» (1993), «Вожди и оборотни» (1993), «Спасти Россию» (1995), «Обвиняется Ельцин» (1999), «Путин. Правда, которую лучше не знать» (2011). Печатался в российских и зарубежных изданиях. Доктор юридических наук, профессор, член-корреспондент Международной славянской академии наук, образования, искусств и культуры, профессор Международной академии информационных технологий, действительный член (академик) Международной академии информационных процессов и технологий. Заслуженный юрист Российской Федерации (2009).
19 марта 2011 года Виктор Иванович Илюхин скоропостижно скончался в своём загородном доме в посёлке Кратово до приезда скорой помощи.
Главный судебный медэксперт, проводивший вскрытие в подмосковном Жуковском, сообщил, что Илюхин скончался в результате обширного затяжного инфаркта, который развивался у него в течение нескольких последних дней и перешёл в критическую фазу вечером 19 марта.
Секретарь ЦК КПРФ, депутат Госдумы Сергей Обухов заявил, что руководство КПРФ будет настаивать на проведении независимой медицинской экспертизы по установлению причины скоропостижной смерти В.И. Илюхина: «Он никогда не жаловался на сердце, и мы считаем странным его столь внезапный уход из жизни».
Виктор Илюхин похоронен 22 марта на Троекуровском кладбище.
Вдова — Илюхина Надежда Николаевна — бывший адвокат. Двое детей: дочь Екатерина (22.11.1979 — 23.11.2006), работала юридическим консультантом (погибла в ДТП вместе с мужем 27-летним Имраном Алахвердиевым), сын Владимир — учится в школе.