Совмещая работу над диссертациями с руководством краем, стал сначала кандидатом (1997), а затем доктором экономических наук (1999), профессор (2001), член-корреспондент РАН (23 мая 2003), академик РАН (2008).
1979 год — окончил Новосибирский институт инженеров водного транспорта.
1988—1990 — директор Хабаровского завода строительных алюминиевых конструкций.
До августа 1991 года состоял в КПСС.
В 1991—2009 — губернатор Хабаровского края.
В 2003 году прошёл по партийным спискам в Государственную думу России от партии «Единая Россия», но после выборов отказался от мандата.
С 30 апреля 2009 года — полномочный представитель Президента Российской Федерации в Дальневосточном федеральном округе.
Со 2 июня 2009 года — член Совета Безопасности Российской Федерации.
Является сотрудником Центра азиатских исследований ИЭ РАН.
Жена Ишаева Любовь Григорьевна. С конца 1980-х годов по 2001 года – заведующая поликлиникой 4-й детской многопрофильной больницы Хабаровска. С 2000 года – заместитель председателя благотворительного фонда для детей с тяжелыми патологиями «Надежда», организованного депутатом Госдумы Борисом Резником. В начале 2000-х годов числилась сотрудником ООО «Трансбункер-Центр», принадлежащей ее сыну Дмитрию.Пенсионерка.
Дочь Юлия училась на финансовом факультете Хабаровской государственной академии экономики и права. В 2008 году Юлия Ишаева вместе с дочерью прокурора Приморского края (до 2007 года работал первым заместителем прокурора Хабаровского края) Юрия Хохлова – Еленой учредили ООО "Индиго Сити Групп". Ишаева владеет 70% компании, Хохлова – 30%. Компания специализируется на операциях на вторичном рынке элитной недвижимости. Проживает в Москве.
Сын Дмитрий. Окончил Тихоокеанский военно-морской университет (ТОВМУ) во Владивостоке. C 1998 по 2000 гг. работал советником в компании Роснефть.. С середины 2000-х - консультант ООО «Петротрейд-М», занимается оптовой продажей нефтепродуктов, строительных материалов, металла. Совладелец компаний ООО «Трансбункер-Центр», ЗАО «ТД Межресурс», ООО «Торговый дом «Петровский завод», ООО «ЛюксЭкспоСервис», ООО «Петротрейд-М» (выручка последнего в 2008 г. – 2,5 млрд руб). Эти компании неоднократно принимали участие в тендерах, объявленных различными государственными структурами Хабаровского края. Женат на Олесе Ишаевой (девичья фамилия – Тихонькая). Воспитывает сына – Игоря. Проживает в Москве.