Воспитанник ДЮСШ города Хойники и минского РУОРа, где его первыми тренерами были Александр Вергейчик и Юрий Пышник.
С 1995 по 1997 год выступал в РУОРе, после чего перешёл в БАТЭ, где играл с 1998 по 2002 год, став за это время, вместе с командой, дважды чемпионом Беларуси (1999, 2002), дважды серебряным (1998, 2000) и один раз бронзовым (2001) призёром. Карьеру игрока завершил из-за полученной на тренировке серьёзной травмы — разрыва крестообразной связки левого коленного сустава.
После завершения карьеры игрока поступил в БГУФК, который закончил в 2004 году, получив специальность «тренер по футболу».
С 2004 по 2006 год работал в БАТЭ тренером дублирующего состава клуба. В 2007 году стал старшим тренером основной команды БАТЭ, а 13 ноября 2007 года стал главным тренером. Имеет лицензию УЕФА категории «B» (получил в декабре 2005 года), категории «А», а также с 24 декабря 2010 категории Pro.
В 2008 году вывел БАТЭ в групповой раунд Лиги чемпионов и стал самым молодым главным тренером в истории этого турнира. Успех на международной арене (белорусский клуб впервые вышел в основной раунд самого престижного евротурнира) был подкреплён победой в чемпионате Беларуси. По итогам года стал победителем национального конкурса «Триумф» в номинации «Тренер года». Также занял 17-е место в рейтинге лучших клубных тренеров 2008 года по версии Международной федерации футбольной истории и статистики.
В 2009 году Гончаренко не смог вывести БАТЭ в групповой раунд Лиги чемпионов, проиграв в 3-м квалификационном раунде латвийскому Вентспилсу (0-1,2-1). В плей-офф Лиги Европы БАТЭ обыграл болгарский Литекс (0-1,4-0) и вышел в групповой раунд Лиги Европы, где команда заняла лишь 3-е место.
15 декабря 2009 года появилась информация, что Гончаренко может возглавить российский клуб «Кубань», но уже в тот же день от БАТЭ поступило опровержение.
В 2010 году БАТЭ под руководством Виктора Гончаренко также не попала в групповой этап Лиги чемпионов. На пути у борисовчан в 3-м квалификационном раунде встал датский «Копенгаген» (0-0,2-3). В Лиге Европы соперниками БАТЭ стали украинское «Динамо», голландский «АЗ Алкмаар» и молдавский «Шериф».
29 октября 2010 года руководство московского клуба «Локомотив» объявило Гончаренко кандидатом на пост главного тренера команды.
Однако, Гончаренко остался в БАТЭ и вместе с клубом сумел преодолеть групповой этап Лиги Европы заняв 2-е место в группе, впервые в истории выведя белорусскую команду в 1/16 этого турнира. В 1/16 Лиги Европы БАТЭ уступил французскому «ПСЖ» (2-2,0-0).
В 2011 году Гончаренко во второй раз вывел БАТЭ в групповой раунд Лиги чемпионов. Компанию его команде составили «Барселона», «Милан» и чешская «Виктория».
Чемпион Белоруссии: (2)
Вице-чемпион Белоруссии: (2)
Бронзовый призёр чемпионата Белоруссии: (1)
Чемпион Белоруссии: (4)
Обладатель Кубка Беларуси: (1)
Обладатель Суперкубка Беларуси: (2)
Лучший тренер Белоруссии: (3)