Политическую жизнь начал в конце 1990-х годов в Российской коммунистической рабочей партии и Московской организации ЛКРСМ (Ленинского коммунистического рабочего союза молодёжи) — ориентировавшейся на РКРП молодёжной организации, сформированной тогда в противовес РКСМ(б). Впоследствии возглавил МО ЛКРСМ.
18—19 августа 2001 года на IV съезде РКСМ(б) МО ЛКРСМ вошла в состав Революционного Комсомола, став Московской организацией РКСМ(б), а Виктор Шапинов был избран секретарём ЦК РКСМ(б) по учащейся молодёжи. На пленуме ЦК, прошедшем 23 февраля 2002 года в Санкт-Петербурге, был избран секретарём ЦК по идеологии, вместо Олега Торбасова. А 13 июля того же года стал главным редактором комсомольского журнала «Революция». Был помощником депутата Государственной Думы, Первого секретаря РКРП-РПК Тюлькина В. А., корреспондентом газеты «Трудовая Россия» в Госдуме.
24 апреля 2004 года был снят с должности секретаря РКСМ(б) по идеологии и редактора журнала «Революция», на VI съезде РКСМ(б) в декабре 2004 года с перевесом в один голос Шапинов со сторонниками был исключён из Комсомола. Вскоре после этого вышел из рядов РКРП-РПК.
В 2005 году был среди участников подготовки первого Российского социального форума и инициаторов создания Левого фронта.
Переехал из Москвы в Киев, где в 2007 году принял активное участие в учредительной конференции «Организации марксистов».
В первой декаде февраля 2009 года Шапинов совместно с рядом активистов из «Организации марксистов» прибыл в Херсон, где находился в эпицентре событий во время захвата рабочими Херсонского машиностроительного завода. Выступая перед рабочими во время выборов Совета трудового коллектива завода, а также массовых протестных акций, пытался расширить и поддержать борьбу трудящихся на примере опыта захвата предприятий в других странах.
Весной 2011 года Шапинов вместе с большинством «Организации марксистов» принял участие в создании «Объединения "Борьба" (Украина)». «Борьба», по замыслу её основателей, призвана стать «полноценным левым политическим субъектом», «заполнить вакуум на левом фланге украинской политики».
Виктор Шапинов — автор ряда публицистических работ в области марксистской теории, включая книгу «Империализм от Ленина до Путина», изданную в серии «Левый марш» издательства «Алгоритм», и предисловие к изданной в той же серии «Маленькой красной книжице» Мао Цзэдуна.