После окончания в 1973 году юридического факультета Ленинградского государственного университета имени Жданова (ЛГУ) работал в органах прокуратуры.
С 1975 года в органах государственной безопасности — был оперуполномоченным, следователем, начальником отделения, замначальника отдела, начальник отдела, начальник следственной службы Ленинградского управления КГБ. Расследовал дела о коррупции, шпионаже, об антисоветской деятельности, о контрабанде, дела ленинградских инакомыслящих (дело Мейлаха и др.).
С 1992 года начальник УФСБ по Санкт-Петербургу и Ленинградской области.
С 1998 года первый заместитель директора Федеральной службы безопасности Российской Федерации Владимира Путина.
Весной 2000 года участвовал в избирательной кампании Владимира Путина, работал в его предвыборном штабе.
С мая 2000 года полномочный представитель президента Российской Федерации в Северо-Западном федеральном округе.
В 2000—2003 годах член Совета безопасности России.
11 марта 2003 года Указом Президента Российской Федерации назначен председателем Государственного комитета Российской Федерации по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ.
С марта 2004 года по май 2008 года — директор Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков.
В декабре 2004 года, после нападения бандитов на управление ФСКН России в Нальчике в печати делал намёки, что оно могло быть инспирировано его недоброжелателями в спецслужбах.
20 октября 2007 года назначен председателем Государственного антинаркотического комитета.
В октябре 2007 года статьёй в газете «Коммерсант» заявил о наличии конфликта между российскими силовыми ведомствами.
Ольга Крыштановская:
12 мая 2008 года назначен руководителем Федерального агентства по поставкам вооружения, военной, специальной техники и материальных средств (распоряжение Правительства Российской Федерации № 685-р от 12 мая 2008 года).
11 июня 2010 года указом Президента освобождён от должности. Журнал «Русский Newsweek» в связи с его отставкой отмечал: «Отставка Черкесова стала первым случаем, когда ближайший соратник Владимира Путина, с которым они вместе учились на юрфаке ЛГУ и работали в ФСБ — Путин возглавлял, Черкесов был первым замом, — уходит в никуда».
Ольга Крыштановская:
23 сентября 2011 года стало известно, что Виктор Черкесов войдет в федеральный список КПРФ на ближайших выборах в Госдуму. Объясняя свой выбор пойти на выборы по списку КПРФ, Черкесов в частности сказал:
По мнению некоторых, его вхождение в избирательный список КПРФ «стало главной сенсацией компартии на грядущих выборах». Кандидат на пост председателя постоянной комиссии по вопросам обороны и безопасности Межпарламентской ассамблеи государств-участников СНГ.
Женат, имеет двоих детей от первого брака. Жена — Н. С. Черкесова (Чаплина) — председатель Совета директоров ООО «Петербургский Час Пик».