Вильгельм Ру родился 9 июня 1850 года в городе Йена в земле Тюрингия.
Ру изучал медицину в Йене, Берлине и Страсбурге и в 1878 году, за диссертацию «Ueber die Verzweigungen der Blutgef?sse», получил степень доктора медицинских медицины.
В течение двадцати лет, с 1878 по 1998 год, Ру состоял ассистентом сначала в Лейпциге, а потом в Бреславле, до открытия специально для него основанного института эмбриологии и механики развития.
С 1880 года состоял приват-доцентом анатомии, с 1886 года экстраординарным профессором.
В 1889 году приглашен ординарным профессором анатомии в Инсбрук, а в 1895 году — в Галле земли Саксония-Анхальт.
Первые исследования Ру были посвящены изучению явлений так называемого функционального приспособления. Им сделано весьма важное дополнение к теории Дарвина, а именно обращено внимание на борьбу за существование между отдельными клетками организма и на этом основании дано объяснение целесообразности физиологического приспособления («Der Kampf der Theile im Organismus», Лейпциг, 1881 год).
В ряде работ, изданных под общим заглавием «Gesammelte Abhandlungen ?ber Entwickelungsmechanik» (Лейпциг, 1895 год), Ру является исследователем динамики развития и основателем новой отрасли морфологии: механики развития. Задача этой отрасли сводится к сведению сложных явлений развития животных к более простым факторам и уяснению их причинной связи. Вильгельм Ру исследует зависимость положения срединной продольной плоскости зародыша от направления, в котором происходит соединение женского и мужского ядра в яйце, изучает методы получения половинных зародышей и является защитником так называемой мозаичной теории развития. Вильгельм Ру установил принцип культивирования тканей, извлек часть костного мозга из куриного эмбриона и держал его в теплом физрастворе в течение нескольких дней.
В 1894 году Ру основал журнал «Archiv f?r Entwickelungsmechanik», специально посвященный этой отрасли, и помещает в нем свои исследования над взаимно притягательным действием отдельных клеток раздробившегося яйца — названным им цитотропизмом и имеющим громадное значение, по мнению Ру, для распределения клеток в теле зародыша: «Ueber den Cytotropismus der Furchungszellen Archiv» (1894 год), «Ueber Selbstordnung (Cytotaxis) etc.» (1896 год), «Programm und Forschungsmetoden der Entwickelungsmechanik der Organismen» (1897 год).
Вильгельм Ру скончался 15 сентября 1924 года в городе Галле в возрасте семидесяти четырёх лет.