Ваддингтон получил образование в Кембриджском университете.
По возвращении во Францию, получил французское гражданство.
Финансовое положение вполне позволяло Вильяму посвятить себя своим излюбленным занятиям — изучению греческого языка, нумизматике, археологии и путешествиям, преимущественно на Восток.
Его ученые труды доставили ему в 1869 году звание академика.
В 1871 году Ваддингтон был избран (от департамента Эны) в члены национального собрания. Здесь он принадлежал вначале к правому центру, вотировал за амнистию, потом занял место в левом центре и придерживался консервативно-республиканской политики Тьера, вручившего ему 18 мая 1873 года портфель министра народного просвещения. Этот пост Уильям занимал всего шесть дней, так как уже 24 мая Тьер сложил с себя звание президента республики.
В 1876 году Вильям Генри Ваддингтон вновь был избран в сенаторы от департамента Эны.
14 декабря 1877 года он был назначен на должность министра иностранных дел в кабмине Армана Дюфора, вследствие чего и являлся уполномоченным Франции на Берлинском конгрессе 1878 года.
После выхода премьера Дюфора в отставку, 4 февраля 1879 года, назначен президентом совета министров.
21 декабря 1879 года Ваддингтон подал в отставку, вследствие разногласия с гамбеттистской партией в вопросах об увольнений чиновников и амнистии. Предложение о введении системы выборов по спискам подверглось в сенате в 1881 году резкой критике Ваддингтон, усматривавшего в этой мере переход к «цезарской» республике.
В 1883 году был назначен французским послом при английском дворе и, в лондонской конференции того же года, с большой настойчивостью защищал французские интересы в Египте.
Умер 13 января 1894 года в Париже.