Родился 14 октября 1838 года. Воспитывался во 2-м кадетском корпусе, по окончании которого в 1857 году был произведён в офицеры и назначен на службу в Самогитский гренадёрский полк. В 1861 году окончил Императорскую военную академию и по переводе в Генеральный штаб был назначен состоять при военно-учебном отделении штаба военно-учебных заведений. В 1863—1864 годах Комаров последовательно состоял для особых поручений при Виленских генерал-губернаторах M. H. Муравьеве и К. П. Кауфмане. В 1865 году на Комарова было возложено по Высочайшему повелению составление сборника сведений о Польском мятеже 1863 г., для чего он объехал весь западный край. В 1867 году Комаров был назначен состоять для особых поручений при штабе Московского военного округа, а в 1870 году — начальником штаба 37-й пехотной дивизии.
Всё это время Комаров принимал самое деятельное участие в современной ему периодической печати, регулярно публикуясь на страницах «Русского инвалида», «Военного сборника», «Голоса» и «Московских ведомостей». В 1871 году Комаров решил всецело отдаться публицистической деятельности и вышел в отставку в чине полковника. Вместе с М. Г. Черняевым и Р. А. Фадеевым он основал в Санкт-Петербурге газету «Русский мир», в которой было уделено много места военным вопросам, причём газета эта стала в явную оппозицию военным реформам Д. А. Милютина.
Славянское движение на Балканах в 1875 году захватило Комарова: он отправился в Сербию, вступил в ряды сербской армии, с началом военных действий её против Турции в 1876 году занял место начальника штаба сербской Тимоко-Моравской армии. За победу над турками под Шуматовицами Комаров получил чин генерала сербской армии, которую оставил лишь за 7 дней до Джунисского боя, приняв участие в 23 боях этой кампании. Во время русско-турецкой войны 1877—1878 гг. Комаров состоял при русской армии на Дунае, находился при Плевны и в походе за Балканы.
Вернувшись в Россию, Комаров принял на себя редактирование «Санкт-Петербургских ведомостей» (в 1877—1883 годах). При нём, по словам журналиста В. О. Михневича, газета «не имела ни таланта, ни своей мысли, ни физиономии, ни содержания, ни читателей» и была прозвана «старушечьими ведомостями». Одновременно, с 1 января 1882 года, Комаров стал издавать свою недорогую ежедневную народную газету «Свет», которую и вёл до конца жизни. В 1886—1891 годах Виссарион Виссарионович издавал журнал «Звезда», а в 1889—1891 годах — «Славянские известия», в 1892—1907 годах он был также издателем журнала «Русский вестник». В то же время Комаров нёс разнообразные обязанности общественного деятеля по городскому и земскому самоуправлению, а в 1901 году стал одним из учредителей первого русского политического клуба «Русское собрание».
Умер 22 декабря 1907 г. Горячий патриот, убежденный монархист, Комаров много послужил делу объединения славян, упрочению связи их с Россией и пользовался широкой популярностью как в России, так и в заграничном славянском мире.
У Комарова было три брата: Александр, Дмитрий и Константин.