Окончил 10 классов в 1957 году, учился в Хабаровском техническом училище № 2, работал слесарем по ремонту промышленного оборудования на заводе «Дальэнергомаш» в Хабаровске. В 1961-65 гг. учился в Алма-Атинском высшем командном пограничном училище. Член КПСС с 1968 года.
Первая должность — заместитель начальника заставы «Нижне-Михайловка».
Во время советско-китайского вооружённого конфликта на о. Даманский был начальником 1-й пограничной заставы «Кулебякины сопки» 57-го Иманского пограничного отряда Тихоокеанского пограничного округа, пришёл на подмогу воинам соседней заставы, раненый и контуженный руководил боем.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 21 марта 1969 года за проявленное мужество, умелое проведение операции по охране государственной границы Бубенину В. Д. было присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали Золотая Звезда (№ 10718).
После лечения в госпитале поступил в Военно-политическую академию имени В. И. Ленина, окончив её в 1973 году, служил в Выборге, потом в Заполярье на должности заместителя начальника политотдела Никельского погранотряда.
5 сентября 1974 года по личному распоряжению Председателя КГБ СССР Ю. В. Андропова назначен командиром Группы «А». 29 апреля 1977 года по собственному желанию вернулся в погранвойска и был назначен начальником политотдела Камчатского погранотряда, в 1981—1983 годах в должности заместителя начальника оперативно-войскового отдела войск Среднеазиатского пограничного округа принимал участие в афганской войне.
В 1983-85 гг. учился в Академии общественных наук при ЦК КПСС. Служил в Политуправлении Погранвойск СССР в должности начальника отдела. В 1987—1989 годах — начальник Политического управления и член Военного совета Прибалтийского пограничного округа.
В 1989—1991 годах — заместитель командующего Северо-Восточным пограничным округом, а в 1991—1993 годах — заместитель командующего Дальневосточным пограничным округом.
В 1993 году указом Президента Российской Федерации был назначен первым начальником (1993—1995) Хабаровского пограничного института.
В 1997-м году вышел в отставку в звании генерал-майора.
Награждён: орденом Ленина, орденом Красного Знамени, орденом «За службу Родине в Вооружённых Силах СССР» 3-й степени, многими медалями, в том числе и медалью «За отличие в охране государственной границы СССР». За успешное руководство подразделением спецназа «Альфа» присвоено звание «Почетный сотрудник КГБ СССР».
Имеет боевые ранения.
Депутат Хабаровской краевой Думы (1994—1997).
Автор книги «Кровавый снег Даманского». Лауреат литературной премии «Золотое перо границы» (2005 год).
В настоящее время[когда?] проживает в поселке Красная Поляна города Сочи Краснодарского края.