Родился в крестьянской семье. В Красной Армии с 1940 года. В 1945 году окончил Военно-воздушную инженерную академию имени А. Ф. Можайского в Ленинграде. В период обучения проходил длительную войсковую стажировку в 1943-1944 годах в истребительном авиационном полку действующей армии Великой Отечественной войны на 1-м Украинском фронте в должности техника полка.
С 1945 года лейтенант Шабанов — инженер-испытатель, затем — помощник ведущего инженера по испытаниям авиационной техники в НИИ ВВС. В 1949 году переведён в Специальное бюро № 1 (СБ-1) Министерства вооружений СССР (ныне ОАО "Научно-производственное предприятие «Алмаз»). Там принимал участие в разработке и испытаниях первой в нашей стране авиационной радиоуправляемой системы «Комета», в состав которой входили самолет-носитель Ту-4 с бортовым радиолокатором и станцией наведения снаряда и сам крылатый самолет-снаряд с автопилотом и станцией самонаведения. Занимался разработкой основных блоков аппаратуры наведения и головки самонаведения снаряда. В 1952 году система «Комета» успешно прошла государственные испытания и принята на вооружение.
С середины 50-х годов — главный конструктор Специального бюро № 1 (СБ-1), руководил разработкой систем К-20 и К-22, предназначавшихся для поражения наземных целей. Обе эти системы также успешно прошли госиспытания и были приняты на вооружение, устанавливались на самолеты Ту-95 и Ту-22М. За создание системы К-22 для В. М. Шабанов был второй раз удостоен Государственной премии. В 60-е годы СКБ № 1 разработало ставшую знаменитой зенитную ракетную систему С-300П.
С 1972 года В. М. Шабанов — генеральный директор ЦКБ «Алмаз», создававшим зенитные ракетные комплексы.
С 1974 года — заместитель Министра радиопромышленности СССР, курировал работу по созданию радиоаппаратуры оборонного назначения.
С 1978 года — заместитель Министра обороны СССР по вооружению. Генерал-полковник-инженер (1978). Руководил работами по принятию на вооружение ряда наиболее современных для того времени образцов вооружения и военной техники (ракетные комплексы стратегического назначения наземного и морского базирования, комплексы космической разведки и др.). Именно под руководством Шабанова были поставлены на вооружение известные во всем мире штурмовик Су-25, вертолёт Ми-24, самолёты Ту-160, Су-27, МиГ-29, третье поколение танков (Т-80), боевая машина десанта (БМД-2), новый колесный бронетранспортер БТР-80 с дизельным двигателем и усиленной бронезащитой, ракетный комплекс «Точка», зенитный ракетный комплекс «Куб», самоходное орудие «Нона-С», гаубица «Мста» и другие. Воинское звание генерал армии присвоено указом Президиума Верховного Совета СССР от 2 ноября 1981 года.
С 1990 года — в Группе генеральных инспекторов Министра обороны СССР. С 1992 года — в отставке. Жил в Москве. Скончался 30 июля 1995 года. Похоронен на Кунцевском кладбище.
Депутат Верховного Совета СССР 11-го созыва (1984—1989). Народный депутат СССР (1989—1991).