Виталий Семенович Макаренко родился 20 апреля 1895 года по старому стилю, в уездном городе Белополье, Харьковской губернии в семье цехового мастера. Окончил 7 классов Кременчугского реального училища.
В конце лета 1915 года был призван на военную службу. 2 августа прибыл в 10-ю роту 28-го пехотного запасного батальона, откуда 31 августа был направлен на 4-х месячные курсы в Чугуевское военное училище. Окончив курсы, вернулся унтер-офицером в декабре 1915 года в резерв армии. 1 января 1916 года произведён в прапорщики. В июне 1916 года направлен в действующую армию, назначен командиром роты 407-го полка 102-й пехотной дивизии в чине подпоручика. При наступлении Юго-западного фронта 28 июня 1916 года был ранен, по выздоровлении вернулся в полк. Был ранен ещё трижды. Последний раз — в бою под Луцком, на реке Стоход, 3 октября 1916 года. Солдаты вынесли его с поля боя (за этот бой В. С. Макаренко был произведён из подпоручиков в поручики и награждён орденом Святого Владимира IV степени с мечами и бантом). По выздоровлении поручик Макаренко был признан негодным к строевой службе и оставлен для дальнейшего прохождения службы в тылу.
В 1917—1919 годах Макаренко вместе с братом А. С. Макаренко, будущим советским педагогогом и писателем, преподавал в г. Кременчуг Полтавской губернии в местной школе. По собственной инициативе Виталий Макаренко ввёл в физкультуру и во внешкольные занятия военные элементы: строевую подготовку и маршировку под духовой оркестр. В июне 1919 года, в связи с нарастанием Красного террора и приближением белых армий к городу скрывался от ЧК, месяц скитаясь по окрестным полям. После освобождения Кременчуга в конце июня 1919 года Добровольческой Армией вступил в её ряды. В связи с четырьмя ранениями признан негодным для службы в действующей армии и был зачислен в состав крюковской контрразведки, где прослужил до ноября 1919 года. В ноябре 1919 года в период отступления Добровольческой Армии во время одной из рабочих командировок в Харьков без разрешения начальства оставил службу в контрразведке г. Кременчуга и добровольно поступил в Харькове пулемётным офицером на бронепоезд «Генерал Марков». Вместе со своим бронепоездом участвовал в боях на железных дорогах Проскуров — Казатин — Бердичев против петлюровцев и войск РККА. В декабре 1919 года при отступлении Макаренко оказался в Крыму, где, по одной из версий, был зачислен в Марковскую пехотную дивизию. В ноябре 1920 года в составе Русской армии был эвакуирован в Галлиполи.
При отъезде в Крым Виталий пытался взять с собой и жену, которая, однако, не смогла забраться вслед за ним в переполненный вагон. Родившаяся несколько позже дочь Виталия Олимпиада воспитывалась в качестве приёмной дочери его братом Антоном.
В эмиграции переехал во Францию. Поддерживал активную переписку с оставшимся в СССР братом, педагогом А. С. Макаренко.
Педагог Антон Макаренко в середине 1920-х годов из СССР писал брату Виталию Макаренко во Францию:
В 1928 году Виталий и Антон Макаренко окончательно потеряли возможность переписываться. О смерти брата и советского педагога в 1939 году Виталий Макаренко узнал из парижской газеты. Виталий Макаренко вскоре организовал собственное художественное фотоателье, что дало ему средства к безбедному существованию в эмиграции. Позднее (по многократным настоятельным просьбам западных, прежде всего германских, макаренковедов, понимавших, что с его уходом никто уже не сможет рассказать многие подробности детства Антона Макаренко) им была написана книга воспоминаний о своём брате «Мой брат Антон Семёнович».
До конца своих дней поручик Виталий Макаренко сохранял тесные связи с однополчанами-марковцами. Имя Виталия Макаренко стоит в списке ветеранов марковских частей, приславших свои воспоминания или подтверждение того или иного эпизода из истории Марковских частей, которые вошли в двухтомник «Марковцы в боях и походах в Освободительной войне 1917—1920 годов».
Последние годы поручик Виталий Макаренко провёл в доме для престарелых в городе Йер недалеко от Тулона, на юге Франции, где скончался 22 июля 1983 года в возрасте 88 лет.