Вырос в состоятельной польской семье, где был младшим из четырёх детей. В 1911 семья переехала в Варшаву. После окончания гимназии изучал право в Варшавском университете с 1926 по 1932 (получил в 1927 году степень магистра) и философию и экономику в Париже. Активно участвовал в интеллектуальных и культурных дискуссиях.
Славился эксцентричным поведением, чего придерживался всю свою жизнь. В 1933 опубликовал сборник рассказов «Мемуары времен созревания», встреченный критикой очень прохладно. Следующая публикация, повесть «Фердидурка», получила гораздо большее признание.
За несколько дней до вторжения фашистских войск в Польшу уехал в Аргентину. Работал в Буэнос-Айресе банковским служащим.
После окончания Второй мировой Гомбрович решил не возвращаться в социалистическую Польшу, где его творчество находилось под запретом до середины 1950-х гг. В 1953 году начал писать короткие эссе на польском языке, которые издавал в парижском издательстве „Kultura“, созданным Ежи Гедройцем. Позднее эти заметки были изданы в виде трехтомника «Дневник». В первый том вошли тексты 1953—1956 годов (издан в 1957), во второй — 1957—1961 годов (издан в 1962), в третий — 1961—1966 годов (издан в 1966). На родине писателя, в Польше «Дневник» был опубликован только в 1986 году. Международная известность пришла к писателю в 1960-е годы, благодаря многочисленным переводам его произведений и постановкам пьес.
Полуавтобиографический роман «Транс-Атлантик» был поставлен в Париже и получил одобрение критики. С 1964 жил под Парижем. Вступил в брак с канадкой Ритой Ламбросс, которая была его секретарём. Последние годы жизни провёл на юге Франции. Умер в июле 1969 от астмы.
В СССР не публиковался. Много переводился на русский язык в 1990-е годы. В России впервые был издан в 1992 году издательством Лабиринт. В издание вошли рассказы Гомбровича, роман «Порнография» и отрывки из «Дневника».
В 2001 году издательство «Кристалл» выпустило собрание романов Гомбровича. В книгу вошли романы «Фердидурка», «Космос», и «Порнография», а также 10 рассказов.
Пьеса «Ивонна, принцесса Бургундская» неоднократно ставилась во многих городах и странах (в том числе Ингмаром Бергманом в Стокгольме). Опера на ее основе написана немецким композитором Борисом Блахером (1973). 18 марта 2006 года состоялась премьера спектакля по этой пьесе (режиссёр Алексей Левинский) в московском театре Эрмитаж. Этот спектакль явился первой постановкой по Гомбровичу в России.