Его отец, Станислав Войткевич, кассир Варшавского Коммерческого Банка, был недоволен интересом сына к искусству, его мать, Анеля, была занята воспитанием одиннадцати детей.
Несмотря на это, Витольд Войткевич учился на Варшавской школе рисунка, 1903—1904 в краковской Академии изящных искусств у Леона Вычулковского. В 1902 году начал учёбу в Санкт-Петербугрской Академии, но покинул её уже через восемь дней после поступления.
В 1905 году Войткевич стал членом группы художников, созданной Лепольдом Готтлибом и Властмилом Гофманом.
Войткевич завел дружбу с писателем Тадеушом Бой-Желенским и сотрудничал с его краковским кабаре «Зелёный шарик» в кафе «Яма Михалика».
Создавал также сатирические тексты для журнала «Kolce» (Колючки).
Занимался книжной графикой. Его творения отличались спутанным, капризным штрихом.
На выставке в Берлине его картины обратили на себя внимание Мориса Дени и Андре Жида. Андре Жид устроил ему персональную выставку в парижской галерее Дрюо.
Войткевич скончался в возрасте 29 лет из-за врождённого неизлечимого порока сердца.