Родился 2 февраля 1927 г. в городе Волховстрое Ленинградской области. В 1951 г. окончил физический факультет Ленинградского государственного университета.
С 1951 по 1952 г. он работал мастером ОТК на заводе в г. Уфе, а с 1952 по 1959 г. преподавал физику и математику в средней школе села Россоши и г. Лиски Воронежской области. С 1959 г. он — старший инженер лаборатории физиологической кибернетики физиологического института им. А. А. Ухтомского ЛГУ. В этот период его деятельности его научные интересы сосредоточены в области церебральной топоскопии — им был создан оригинальный прибор, позволяющий изучать некоторые важные аспекты динамики высшей нервной деятельности. С 1966 по 1967 г. он работал младшим научным сотрудником в ЛГУ.
В 1965 году В. А. Ганзен защитил кандидатскую диссертацию, а в 1975 году — докторскую, на тему «Проблема отображения целостных объектов человеком». В течение 30 лет он преподавал на факультете психологии ЛГУ/СПбГУ, работая сначала ассистентом, доцентом, профессором кафедры эргономики и инженерной психологии, а в дальнейшем — профессором кафедры общей психологии. Его монографии «Восприятие целостных объектов» и «Системные описания в психологии» внесли существенный вклад в развитие общей и системной психологии; они до сих пор используются в качестве учебных пособий. Основные исследования В. А. Ганзена связаны с разработкой системного подхода в общей психологической теории.
Итогом его научной деятельности стали 90 печатных работ. Будучи профессором кафедры общей психологии, он осуществлял руководство диссертационными работами аспирантов и соискателей. Он читал авторские курсы лекций: «Основы общей психологии», «Психические процессы», «Психология личности», «Системные методы в психологии».
Монографии В. А. Ганзена использовались в качестве учебного пособия в курсе «Введение в кибернетику и системные методы психологии». Под его редакцией был издан «Практикум по инженерной психологии». Он много лет руководил специализацией «Общая и экспериментальная психология» и семинаром по «Психологии восприятия» в Доме учёных Ленинграда.
В монографии «Системные описания в психологии», выпущенной в 1984 году издательством ЛГУ, В. А. Ганзен на основании собственного многолетнего опыта и поиска системы научных описаний сформулировал постулат: «Любая реальность наблюдаемого мира описывается пространственными, временными, энергетическими и информационными характеристиками». Эти четыре общенаучных понятия — пространство, время, энергия и информация — после многолетних поисков были приняты за единый общенаучный базис, необходимость и достаточность набора элементов в котором имеет обширное эмпирическое обоснование.
В. А. Ганзен часто цитировал философов древности и особенно Гераклита, которого называл своим учителем; «я учился у природы и Гераклита» — любил повторять он. Великое гераклитово «всё есть одно, и одно есть всё» он перефразировал в «мудрость не в многознании, а в том, чтобы видеть общее в разном!».