Казачёнок родился в городе Колпино, давшем футболу, кроме него, ещё Герасимова, Панова, Хромченкова и некоторых других игроков. Собрав с друзьями команду, играл на турнирах «Кожаный мяч». Затем выступал в местной команде «Ижорец». Одним из первых тренеров Казачёнка был Сергей Сальников. В команду «Зенит» попал в 1971 году, но долгое время не мог пробиться в основной состав. По словам самого Владимира, его природные данные были достаточно скромными, и всё, чего он смог добиться в дальнейшем — результат работы над собой. В чемпионатах 1974 и 1975 года сыграл 41 матч. Футболистом, как не служившим в армии, стали интересоваться ведомственные клубы. Владимир принял предложение московского «Динамо», тем более с тогдашним тренером «Зенита» Зониным отношения складывались неудачно.
Играя в «Динамо» рядом с такими игроками, как Пильгуй, Бубнов, Гершкович, Казачёнок учился у них мастерству и скоро стал любимцем болельщиков. Отыграв в «Динамо» три сезона, завоевав Кубок страны (1977), он перешёл обратно в «Зенит», который теперь тренировал Юрий Морозов.
В 1980 году ленинградцы завоевали бронзовые медали чемпионата. С 1981 года Казачёнок стал капитаном команды. Болельщики посвятили ему множество кричалок:
В 1983 году он решил закончить карьеру игрока: с новым тренером клуба Павлом Садыриным общего языка он не нашёл, а играть где-то ещё, кроме родного клуба, не хотел.
После этого играл за ветеранские команды, пытался найти новое занятие. Работал бригадиром грузчиков в Трансагентстве, пробовал тренировать ленинградское «Динамо», год работал в Финляндии, пробовал себя в роли комментатора футбольных матчей, работал завучем в СДЮШОР «Зенит», пробовал стать депутатом, но в последний момент снял свою кандидатуру. Наконец, нашёл себя на тренерском поприще, со второй попытки. Сначала опять поработал в петербургском «Динамо», затем в «Петротресте».
С 2006 года тренировал команду «Химки», в первый же год выведя её из Первого дивизиона в Премьер-лигу. В середине сезона 2007 года у Владимира Казачёнка возникли проблемы со здоровьем. Врачи поставили диагноз — гипертония. Казачёнок через месяц ненадолго вернулся к руководству командой, но 6 сентября, в день своего 55-летия, всё же покинул пост главного тренера. В 2012 голу на Мемориале Гранаткина возглавил сборную команду Санкт-Петербурга