С 1920 по 1926 год Владимир Щербинин работал музыкантом и капельмейстером военного духового оркестра. С 1924 года он учился в Московской консерватории по классу Владислава Блажевича, однако закончил её экстерном лишь намного позже, в 1947 году. С 1926 по 1932 год Щербинин играл в Персимфансе. С 1926 по 1944 он был солистом оркестра Большого театра, а с 1938 по 1941 — совмещал с работой в театре ещё и должность солиста Госоркестра.
В 1938 году Щербинин начал преподавать в Московской консерватории. В 1939 ему было присвоено звание доцента, а в 1947 — профессора. Среди учеников Владимира Щербинина лауреанты всесоюзных и международных конкурсов Виктор Баташов, Александр Жуковский, Константин Ладилов, Клавдия Морейнис, Михаил Турусин и другие. Щербинин — автор многочисленных обработок и переложений музыки итальянских и русских композиторов для тромбона и фортепиано, в том числе виолончельной сонаты Рахманинова.
C 1929 по 1940 год Владимир Щербинин руководил оркестром дома культуры Московского автозавода. Во время празднования 800-летия Москвы и тридцатой годовщины Октябрьской революции он организовал сводный духовой оркестр из 1200 человек, исполнявший под его руководством музыку на московских улицах и площадях.
Владимир Щербинин скончался 5 июня 1963 года. Он похоронен на московском Новодевичьем кладбище (8 уч., 29 ряд).