Родился в городе Мелитополь Запорожской области Украинской ССР.
На военной службе с 1970 года. В 1974 году окончил Алма-Атинское высшее пограничное командное училище имени Ф. Э. Дзержинского КГБ при Совете Министров СССР. Затем служил в пограничных войсках Закавказского, Восточного и Северо-Западного пограничных округов, начиная от должности заместителя начальника заставы до должности заместителя начальника войск Северо-Западного пограничного округа.
В 1981 году окончил Военную академию имени М. В. Фрунзе. В 1986—1989 годах принимал участие в Афганской войне.
В 1994 году назначен начальником Управления ФСК (с 1995 года — ФСБ) России по Республике Карелия, сменив на этом посту Николая Патрушева.
С 1996 года — в центральном аппарате Федеральной службы безопасности Российской Федерации. В 1998 году назначен заместителем директора ФСБ — начальником Департамента по борьбе с терроризмом ФСБ России. С 1999 года — первый заместитель директора Федеральной службы безопасности Российской Федерации.
При массовом захвате чеченскими террористами заложников в театральном центре на Дубровке 23-26 октября 2002 года в Москве (см.Террористический акт на Дубровке), В. Е. Проничев был включен в оперативный штаб по проведению организации и являлся одним из её руководителей. Проведение силовой части операции признается подавляющим числом специалистов как отличное (уничтожение всех террористов, недопущение подрыва многочисленных взрывных устройств в зале и «поясов шахидов» на их телах, отсутствие гибели заложников в ходе захвата здания спецподразделениями). В то же время оперативный штаб не сумел предусмотреть важнейшие особенности операции, что повлекло значительные человеческие жертвы (усыпляющий газ оказал чрезмерно сильное воздействие на истощенных физически и морально людей, не была налажена оперативная эвакуация пострадавших в больницы, врачам не сообщались данные об усыпляющем газе и они оне могли оказывать необходимую в данной ситуации медицинскую помощь, места в больницах для заложников подготовлены не были). Вина за данные недостатки полностью ложится на руководство оперативного штаба спецоперации, в том числе персонально на В. Проничева. Однако «закрытым» указом Президента РФ В. В. Путина, генерал-полковнику В. Е. Проничеву в 2003 году (по другим данным в декабре 2002 года) присвоено звание Герой Российской Федерации, что вызвало негативную реакцию в обществе .
В 2003 указом Президента РФ была упразднена Федеральная пограничная служба Российской Федерации. На её основе была создана Пограничная служба Федеральной службы безопасности Российской Федерации, руководителем которой 1 июля 2003 года назначен Владимир Проничев. Указом Президента РФ В. В. Путина от 9 мая 2005 года Проничеву Владимиру Егоровичу присвоено воинское звание генерал армии.
Член Морской коллегии при Правительстве Российской Федерации с октября 2003 года. Член Совета безопасности Российской Федерации с 2004 года. Председатель Совета командующих пограничными войсками стран — участников Содружества Независимых Государств с сентября 2003 г. Председатель Общественно-государственной организации «Всероссийское физкультурно-спортивное общество „Динамо“».