Владимир Ишерский родился в городе Вятке в семье преподавателя духовной семинирии Ивана Владимировича Ишерского. После окончания в 1893 году Симбирской мужской классической гимназии, поступил на медицинский факультет Казанского университета, который окончил в 1898 году. Работал врачом в Казани, Петербурге, Оренбурге, Уфе, Омске. В 1899 году принял участие в работе Пироговского съезда врачей, где был избран членом комитета по исследованиям социально-экономических причин голода в России. Функции комитета включали организацию медицинских и продовольственных отрядов, устройство специальных пунктов по сосредоточению запасов продовольствия в районах, наиболее подверженных голоду, их статистическое обследование и так далее. В том же году во время службы в Казанском земстве руководил работой медицинско-продовольственного отряда по борьбе с голодом в Тетюшском уезде.
В 1900 году Ишерский приехал в город Омск, в котором стал одним из организаторов больницы на железнодорожной станции, где он несколько лет проработал врачом. В Омске Ишерский встретился с ссыльными марксистами, участвовал в политической деятельности местной социал-демократии, хотя организационно с РСДРП связан не был.
В 1902 году Владимир Ишерский сдал экзамен на степень доктора медицины при Военно-медицинской академии в Петербурге и готовил к печати свою диссертацию по гигиене на тему «Исследования водоемов Западной Сибири в пределах Западно-Сибирской железной дороги». Однако защитить диссертацию он не смог, потому что 6 января 1906 года за участие в октябре 1905 года в забастовке рабочих-железнодорожников он был арестован карательной экспедицией Меллер-Закомельского и в следующем году выслан в город Ялуторовск Тобольской губернии за «антиправительственную деятельность».
16 июня 1906 года был избран членом первой Государственной думы от оседлого населения Акмолинской области, что заставило царскую власть вернуть его из ссылки. В думе Ишерский вошёл в социал-демократическую фракцию. В рамках работы в Государственной думе он подписал шесть запросов, касающихся судьбы политических заключенных. Был одним из подписавших воззвание «Народу от народных представителей» против роспуска думы 10 июля 1906 года в городе Выборге, за что был привлечён к суду и сослан в Уфу.
В Уфе Владимир Ишерский занимался частной медицинской практикой. С 1916 года находился в действующей армии. Вернулся в Омск в конце 1917 года, служил в Сводном лазарете, участвовал в общественной жизни города (был членом Общества художников и любителей изящных искусств Степного края), руководил социал-демократической группой «Единство». В июне 1918 года после падения Советской власти в Омске был одним из учредителей Омского отдела «Союза Возрождения» России, поддерживавшего Временное Сибирское правительство.
Во время Гражданской войны являлся личным врачом Председателя Совета министров Правительства А. В. Колчака — П. В. Вологодского. По завершении Гражданской войны переехал в Читу, в которой работал в институте народного образования, читал курс «Анатомия и физиология человека». В 1923 году переехал вместе с институтом во Владивосток. Во Владивостоке Ишерский заведовал кафедрой педологии и педагогики, руководил сектором научно-исследовательских работ.
Вышел на пенсию в 1930-х годах, опасаясь преследований и ареста, вскоре покинул Владивосток. Скончался в 1937 году (по некоторым данным в 1942 году) в Саратове.
Был женат на Елизавете Эдуардовне Эзет, дочери известного омского архитектора Эдуарда Ивановича Эзета.