Родился 10 января 1832 года, происходил из дворян Киевской губернии.
Образование получил во 2-м кадетском корпусе, по окончании которого в 1849 г. произведён в прапорщики и назначен в войска на Кавказе. В составе отряда князя Бебутова принимал участие в Восточной войне и за участие во взятии Карса награждён орденом св. Анны 4-й степени и в 1856 г. произведён в подпоручики. После Крымской войны продолжал службу в штабе Кавказских войск и неоднократно бывал в походах против горцев, за отличие в кампании 1863 года награждён золотым оружием с надписью «За храбрость» и в следующем году получил чин штабс-капитана, а в 1865 году — капитана.
Произведённый в 1872 году в майоры и в 1876 году в подполковники, Худяков принял участие в русско-турецкой войне и 5 октября 1877 года был награждён орденом св. Георгия 4-й степени
Также за отличие произведён в полковники и 12 сентября 1877 года назначен флигель-адъютантом.
После кратковременного отсутствия в действующих войсках, связанного с излечения от ранения, полученного на Шипкинском перевале, Худяков был назначен командиром 16-го стрелкового батальона, которым командовал до 1884 года.
С 1884 года Худяков исправлял должность Орловского уездного воинского начальника, однако в 1887 году вернулся в строевые войска и был назначен командиром 2-го гренадерского Ростовского полка. Произведённый в 1894 году в генерал-майоры Худяков возглавил 1-ю Туркестанскую линейную бригаду, а в 1896 году получил в командование 4-ю стрелковую бригаду и в 1900 году был произведён в генерал-лейтенанты и вышел в отставку, поселился в Одессе.
Среди прочих наград Худяков имел ордена св. Станислава 1-й степени (1896 г.) и св. Анны 1-й степени (1899 г.).
Худяков скончался 8 октября 1908 года в Одессе.