В 1957—1972 годах работал в Ленинградском физико-техническом институте РАН (АН СССР), с 1972 — в Институте ядерных исследований РАН (АН СССР), зав. отделом экспериментальной физики. Является автором более 200 научных публикаций, 5 изобретений, которые внедрены и используются в России и за рубежом.
За многолетний труд и большой вклад в науку В. М. Лобашёв удостоен ряда правительственных наград. Награждён орденами:
В 1974 году ему была присуждена Ленинская премия, в 1999 году — Международная премия ОИЯИ им. Б. М. Понтекорво, в 2004 году — премия ИЯИ РАН имени академика М. А. Маркова.
С 2006 года Владимир Михайлович является Почетным гражданином города Троицка. В 2009 году награжден Памятной медалью «100 лет со дня рождения Л. Ф. Верещагина».