Сын помещика. Родился 2 апреля (14 апреля по новому стилю) 1888 года на хуторе Нарбутовка Черниговской губернии. Родной брат выдающегося художника-графика Георгия Нарбута. Среднее образование получил в Глуховской гимназии.
Окончил историко-филологический факультет Петербургского университета. Печататься начал с 1910 года (в петербургском студенческом журнале «Гаудеамус»). В 1912 году примкнул к «Цеху поэтов».
В 1918—1919 годах был редактором журнала «Сирена» в Воронеже. В 1920—1922 годах жил сначала в Одессе, где, в частности, вступил в РКП(б), возглавил ЮгРОСТА и подружился с Э. Багрицким, затем в Киеве.
В 1922 году он переселился в Москву, работал в Отделе печати ЦК ВКП(б), основал и возглавил издательство «Земля и фабрика» (ЗиФ). В 1928 году был исключён из партии за сокрытие ряда обстоятельств, связанных с его пребыванием на юге во время гражданской войны.
Нарбут был покровителем группы писателей-одесситов, которая появилась в 1920-е годы в Москве (Багрицкий, Олеша, Ильф, Петров, Славин и др.). По воспоминаниям Надежды Мандельштам, «именно из рук Нарбута одесские писатели ели свой хлеб».
В 1925 году совместно с издателем В. А. Регининым основал ежемесячник «Тридцать дней». Но началом Великой Отечественной войны журнал был закрыт одновременно со многими другими изданиями того периода.
В октябре 1936 года Владимир Нарбут был арестован. Обвинялся в том, что входил в группу «украинских националистов — литературных работников», которая якобы занималась антисоветской агитацией. Руководителем группы следствием был объявлен И.С. Поступальский. Помимо Нарбута, в группу якобы входили переводчики П. С. Шлейман (Карабан) и П. Б. Зенкевич и литературовед Б. А. Навроцкий. Все пятеро были осуждены постановлением Особого совещания НКВД СССР 23 июня 1937 года на пять лет лишения свободы по статье 58 УК РСФСР (пункт КРД). Все пятеро осенью того же года оказались на Колыме.
14 апреля 1938 года В. И. Нарбут был расстрелян по постановлению тройки НКВД в карантинно-пересыльном пункте № 2 треста «Дальстрой»
Существует легенда, согласно которой Нарбут был не расстрелян, а вместе с несколькими сотнями зеков затоплен на барже в Нагаевской бухте.
Реабилитирован посмертно за отсутствием состава преступления в 1956 году.
Первое посмертное собрание стихов, подготовленное Л. Чертковым, вышло в Париже в 1983 году.