Родился 14 августа 1950 года в городе Никополе Днепропетровской области Украинской СССР в семье рабочего.
В 1972 году окончил Высшее военно-морское училище имени М. В. Фрунзе. В 1977 году окончил Высшие специальные офицерские классы ВМФ.
В 1972—1979 годах — командир боевой части малого противолодочного корабля, помощник командира, затем командир МПК. В 1979—1983 годах — начальник штаба, командир дивизиона противолодочных кораблей Балтийского флота. В 1985—1987 годах — начальник штаба — заместитель командира бригады противолодочных кораблей, командир бригады кораблей охраны водного района Балтийского флота. В 1987—1990 годах — начальник штаба — заместитель командира Балтийской военно-морской базы, командир дивизии противолодочных кораблей Балтийского флота.
В 1985 году окончил Военно-морскую академию имени Маршала Советского Союза А. А. Гречко, в 1992 году — Военную академию Генерального штаба Вооружённых Сил . В 1992—1997 годах — командир Балтийской эскадры разнородных сил, командир Балтийской военно-морской базы, начальник штаба — 1-й заместитель командующего Балтийским флотом. В августе 1997 года — июле 1998 года — 1-й заместитель командующего Северным флотом.
С июля 1998 года — командующий Черноморским флотом. Освобождён от должности командующего в октябре 2002 года.
В 2007 году был избран депутатом Государственной думы пятого созыва по избирательному списку КПРФ в Ленинградской области. Вошёл в состав фракции КПРФ. Член комитета по обороне, член комиссии по рассмотрению расходов федерального бюджета, направленных на обеспечение обороны и государственной безопасности РФ.
В марте 2009 года возглавил предвыборный список КПРФ на выборах в Госсовет Татарстана. КПРФ по официальным данным получила 11,15 % голосов, заняв второе место после «Единой России» c 79,31 %. В итоге КПРФ получила шесть депутатских мандатов. По окончании выборов Комоедов написал заявление о выходе из избирательного списка, передав своё место бывшему директору ОАО «Домостроительный комбинат» Рафаэлю Нуретдинову.
9 июля 2011 года XI (внеочередным) Съездом Общероссийского общественного движения «В поддержку армии, оборонной промышленности и военной науки» избран председателем Движения, сменив на этом посту В. И. Илюхина. Ранее, в феврале этого же года, на процессе военного трибунала Общероссийского офицерского собрания по делу о противоправной и разрушительной деятельности В. Путина, где В. И. Илюхин выступал в качестве главного обвинителя, последний назвал Владимира Комоедова в числе «лучших, наиболее авторитетных, талантливых военачальников».
Действительный член (академик) Государственной морской академии имени адмирала С. О. Макарова. Награждён орденами «За заслуги перед Отечеством» IV степени, «За службу Родине в Вооружённых Силах СССР» III степени, «За военные заслуги», орденом Богдана Хмельницкого (12 августа 2000 года, Украина).
Женат, имеет дочь.