Окончил Московский государственный институт международных отношений МИД СССР.
С 1956 года — сотрудник Посольства СССР в Камбодже.
В 1963—1969 годах — сотрудник Посольства СССР в Марокко.
В 1969—1972 годах — советник Управления по планированию внешнеполитических мероприятий МИД СССР.
В 1972—1977 годах — советник Посольства СССР во Франции.
В 1978—1979 годах — заведующий сектором 1-го Европейского отдела МИД СССР.
В 1979—1985 годах — советник Посольства СССР во Франции.
В 1985—1986 годах — старший советник Управления по планированию внешнеполитических мероприятий МИД СССР.
В 1986—1989 годах — старший советник, затем главный советник Управления оценок и планирования МИД СССР.
В 1989—1992 годах — генеральный крнсул СССР в Милане (Италия).
Владимир Ступишин стал первым Чрезвычайным и Полномочным Послом Российской федерации в Армении после распада СССР, со 2 марта 1992 года по 13 сентября 1994 года.
Убеждённый сторонник стратегического союза Армении и России. Яростный защитник права армян Нагорного Карабаха на самоопределение, занимает по этому вопросу крайне одностороннюю позицию.
Уезжая из Армении, заявил: «Можете быть уверены, что я не забуду Армению и Карабах. Я вас не предам ни при каких обстоятельствах». Будучи на пенсии и оставив дипломатическую службу, Владимир Ступишин продолжил свои выступления в прессе «в защиту естественного права любого народа на самоопределение вплоть до создания независимого государства».
В сентябре 1997 года, в качестве независимого наблюдателя на президентских выборах, посетил самопровозглашенную Нагорно-Карабахскую Республику.
Ступишин — член Союза писателей Москвы, автор большого количества научных и публицистических книг.