Родился 22 мая 1906 года в городе Руза Владимирской губернии (сейчас — Московская область) Отец — народоволец Сергей Иванович Мартыновский по приговору царского суда провел на каторге и в ссылках 24 года.
После окончания судостроительного факультета Одесского политехнического института в 1930 году был рекомендован в аспирантуру только что созданного Одесского института инженеров водного транспорта (ОИИВТ), где впервые начал профессионально заниматься научной работой. В конце 1933 года досрочно защитил кандидатскую диссертацию на тему «Изоляция рефрижераторных судов».
После этого работал доцентом, преподавал техническую термодинамику и холодильные установки. Позже — деканом и затем заместителем директора по учебной и научной работе.
Его статьи публиковались в трудах ЦНИИ водного транспорта (о применении цикла Ворхиса в судовых рефрижераторных установках), ВНИХИ (о расчёте изоляции рефрижераторных судов с учётом солнечной радиации) и сборниках научно-исследовательских работ ОИИВТ (об определении оптимальной толщины изоляции морских рефрижераторов). Тогда же начал публиковать свои статьи в журнале «Холодильная техника». Первые статьи опубликованы журнале в 1936 и 1938 годах.
В довоенный период написал работы по обоснованию метода анализа и сравнения прямых и обратных термодинамических циклов созданного им позже в окончательном виде. Он обратил внимание на ряд достоинств двуокиси углерода, как рабочего тела (хладагента) обратных регенеративных циклов для производства холода и теплоты.
После начала Великой Отечественной войны Владимир Сергеевич поступил в распоряжение Военно-морского флота СССР, участвовал в обороне Севастополя и Северного Кавказа. В 1944—1945 годах он выезжал на освобождаемые территории Европы для поиска оборудования, вывезенного из СССР оккупантами.
После войны он возвращается в институт, который уже назывался Одесским институтом инженеров морского флота (ОИИМФ) и продолжает заниматься преподавательской, научной и административной деятельностью. В соавторстве со своим учителем профессором С. Д. Левенсоном он издает учебник и работает над докторской диссертацией.
В 1948 году Владимир Сергеевич назначается директором Одесского технологического института консервной промышленности (ОТИКП) (сейчас — Одесская государственная академия холода). Для интенсивно развивающегося агрокомплекса страны нужны были специалисты по холодильной технике, поэтому Мартыновскому поручалось приступить в ОТИКП к подготовке инженеров-холодильщиков
В 1949 году он организовал в ОТИКП факультет холодильных машин, на который была зачислена часть студентов старших курсов технологического и механического факультетов и ещё 53 студента из других вузов. Всего в 1949—1950 учебном году на факультете обучалось на четырёх курсах 313 студентов. С начала 1950 года вуз получил название Одесский технологический институт пищевой и холодильной промышленности (ОТИПХП).
На посту ректора занимался отбором наиболее способных студентов для обучения в аспирантуре и работы в институте и привлекал для преподавания других специалистов. Так, почти одновременно с ним в институт пришли В. Ф. Чайковский, Л. З. Мельцер, Б. А. Минкус, ставшие позже докторами наук. Были организованы две основные специальные кафедры: кафедра холодильных машин (её возглавил сам Мартыновский) и кафедра холодильных установок, на её заведование был приглашен из Одесского филиала ВНИХИ (УкрНИХИ) один из известных в то время холодильщиков — С. Г. Чуклин, ставший уже в ОТИПХП доктором технических наук, профессором.
Первые годы работы В. С. Мартыновского в ОТИКП были исключительно напряженными. Он вместе с ведущими преподавателями и аспирантами начал исследования в нескольких перспективных научных направлениях: вихревое охлаждение, эжекторные холодильные машины на неводяных парах, определение потерь в холодильных компрессорах, влияющих на их энергетическую эффективность и объёмную производительность, тепловые насосы и других.
В 1950 году завершил и издал монографию по холодильным машинам,а также подготовил и защитил докторскую диссертацию на тему «Термодинамический анализ холодильных циклов». Защита состоялась в специализированном совете Ленинградского технологического института пищевой и холодильной промышленности. Основные положения диссертации были изложены во второй его монографии «Термодинамические характеристики циклов тепловых и холодильных машин», изданной в 1952 году. В ней описывался и на большом числе примеров иллюстрировался созданный им метод оценки эффективности действительных прямых и обратных циклов. Для сравнения предлагалось использовать так называемые соответственные или эквивалентные циклы Карно. Для анализа потерь от необратимости в реальных циклах они разделялись на внутренние и внешние, что дало возможность, поэтапно вводя отдельные потери, учитывать их влияние на эффективность термодинамического цикла. При этом он отмечал, что такие оценки носят в основном качественный характер, так как не принимают во внимание взаимное влияние потерь. Предложенный метод получил название метода наращивания потерь от необратимости. В более поздних своих трудах В. С. Мартыновский продолжал совершенствовать созданные им методы термодинамического анализа. Так, в статье, написанной вместе с профессором Л. З. Мельцером и доцентом И. М. Шнайдом с помощью этих методов была выполнена оценка степени термодинамического совершенства различных генераторов холода и строго доказано существование оптимальных температур, отвечающих максимуму эффективности той или иной системы охлаждения.
В 1955 году выходит монография В. С. Мартыновского по тепловым насосам.
В этом же году в институте начинаются исследования в области термоэлектрических полупроводниковых охладителей. Мартыновский усматривает перспективность этого направления также и для создания эффективных тепловых насосов, что отражено в его ранней публикации. В. С. Мартыновский с 1955 года становится членом редколлегии журнала «Холодильная техника». В журнале часто публикуются его статьи об исследованиях различных процессов, циклов и систем охлаждения или нагрева. В некоторые годы — по 3-4 статьи. Его работы становятся известными за рубежом. В 1955 году на IX-ом всемирном конгрессе Международного института холода (МИХ), состоявшемся в Париже, Мартыновский был избран вице-президентом III-ей комиссии МИХ.
В 1957—1958 годах в рамках реализации программы ЮНЕСКО он руководил коллективом советских и зарубежных специалистов по созданию в Индии Бомбейского технологического института. Читал там лекции, готовил инженеров по холодильной технике и вел научные исследования. В ОТИПХП из числа командированых правительством Индии для обучения в аспирантуре им были подготовлены два кандидата наук: Сринивасан и Парулекар.
После возвращения он продолжал руководить вузом и способствовал дальнейшему его развитию, создавал новые учебные и научные лаборатории. Как и раньше, серьёзное внимание уделялось научным работам и подготовке аспирантов. В институте В. Ф. Чайковский, А. П. Кузнецов, Н. И. Водяницкая и другие начали работы по применению смесей хладагентов (неазеотропных и азеотропных) в холодильных машинах. Мартыновский поставил задачу формирования таких смесей, которые бы не только вызывали повышение эффективности систем охлаждения, но и способствовали достижению более низких температур, которые обычно могли обеспечиваться с помощью компрессоров одноступенчатого сжатия.
В 1958 году для выполнения большого объёма заказов предприятий и отраслевых НИИ в институте был создан научно-исследовательский сектор (НИС). По ходатайству В. С. Мартыновского для организации поисковых научных исследований в области систем низкотемпературной техники в 1959 году была открыта проблемная научно-исследовательская лаборатория (ПНИЛ). В ней создавался основательный задел для НИС по ряду научных разработок, для которых затем искали заказчиков из промышленности.
В 1960 году В. С. Мартыновский был назначен в ЮНЕСКО (Париж) заместителем директора департамента образования и прикладных наук, где работал до 1964 года. В департаменте выполнял работу по организации вузов в развивающихся странах. Разработал международные рекомендации по техническому образованию, одобренные Генеральной конференцией ЮНЕСКО.
Поддерживал творческие контакты с коллегами и учениками из ОТИПХП; интересовался результатами научных исследований, ставил задачии консультировал. Написал в соавторстве с профессором С. Г. Чуклиным и доцентом Л. З. Мельцером учебник по холодильным установкам и в соавторстве с профессором Л. З. Мельцером — учебник по судовым холодильным установкам. В эти же годы выходят статьи в соавторстве с В. А. Наером об исследованиях термоэлектрических вариаторов тепловых потоков.
По возвращении из Парижа он проводит обстоятельный анализ результатов работы научных коллективов и лабораторий кафедры холодильных машин и намечает продолжение научных работ по направлениям, где можно ожидать новых результатов. В частности, начинает исследования, которые привели к созданию эффективных воздушных турбохолодильных машин (И. М. Шнайд, А. А. Шмыгля, Л. В. Ястребова, Л. Ф. Бондаренко и другие). В соавторстве с доктором технических наук М. Г. Дубинским были предложены и реализованы новые схемные решения. Например, циклы с дополнительным теплообменом в регенераторе для вакуумных и напорных воздушных холодильных машин. Очевидный приоритет отечественных ученых в этой области вызвал появление на Западе термина «русский цикл». Однако, эти работы были в дальнейшем прекращены, и интерес к ним возобновился только в последнее время.
В. С. Мартыновский стремился к расширению спектра низкотемпературных специальностей, по которым можно было бы вести подготовку инженеров. С 1959—1960 учебного года в институте начали обучение в области глубокого холода. Была организована новая кафедра, которую возглавил доцент (позже — профессор) В. П. Алексеев и создана лаборатория с воздухоразделительной установкой американской фирмы «Индепенденс».
С 1970 года В. С. Мартыновский смог начать подготовку инженеров по криогенной технике как специализации в рамках существующей специальности. Для создания современной лаборатории институт по нарядам Минхимнефтемаша СССР получил гелиевый ожижитель Г-8, газовые криогенные машины, новую воздухоразделительную установку и другое оборудование.
В 1970 году институт был переименован в Одесский технологический институт холодильной промышленности (ОТИХП). Была проведена основательная реорганизация вуза. Его покинули все, кто занимался обучением по технологическим и механическим (для пищевой промышленности) специальностям; пришли теплофизики, специалисты по тепловым и атомным станциям.
В 1971 году В. С. Мартыновский возглавил советскую делегацию на XIII всемирном конгрессе МИХ (Вашингтон). На этом конгрессе он был избран вице-президентом Научного совета МИХ. По согласованию с правительством СССР он предложил руководству МИХ провести очередной XIV всемирный конгресс в 1975 году в Москве. Предложение было принято, и началась подготовка к его проведению. В. С. Мартыновский готовился выступать на конгрессе с несколькими докладами, ещё ряд докладов по актуальной тематике должны были сделать ведущие научные сотрудники института. Он в это время занимался термодинамическими аспектами транспортирования природного газа на значительные расстояния в жидком виде. Мартыновский обращал внимание на относительно умеренные капитальные затраты при таком варианте переброски больших количеств СПГ и на возможность возврата части работы ожижения за счет производства в конечных точках потребления газа энергии в прямых циклах с окружающей средой в качестве верхнего источника теплоты. В 1971 и 1972 годах он издает две книги: учебник по судовым холодильным машинам и монографию, развивающую методы анализа действительных термодинамических циклов.
Последние годы жизни В. С. Мартыновский посвятил работе над монографией «Циклы, схемы и характеристики термотрансформаторов». Этот труд ученого остался незаконченным. Работа была завершена учениками и ближайшими сотрудниками В. С. Мартыновского, хорошо знакомыми с научными идеями и общим замыслом автора и считавшими своим долгом способствовать её изданию. Подготовка рукописи к изданию была проведена И. М. Шнайдом под редакцией В. М. Бродянского.
Умер Владимир Сергеевич в 1973 году. Им было издано 9 монографий и учебников, опубликовано более 150 научных статей, получено 25 авторских свидетельств на изобретения. Под его руководством выполнили и защитили только кандидатские диссертации около 30 человек.
Именем народовольца Сергея Ивановича Мартыновского, отца Владимира Сергеевича Мартыновского, была названа одна из центральных площадей города Одессы (Греческая площадь). В 1994 году площади возвращено старое название — Греческая площадь.