Владимир Викторович Якубовский родился 4 марта 1952 года в Иркутске.
Окончил инженерно-экономический факультет горной промышленности и строительства Иркутского института народного хозяйства по специальности «Экономика и организация строительства».
В 1974 году начал трудовую деятельность мастером строительно-монтажного управления (СМУ) «Академстроя» треста «Иркутскпромстрой», прошел путь от мастера до начальника строительно-монтажного управления треста.
В 1985 году окончил факультет организаторов строительного производства Московского ордена Трудового Красного Знамени института управления им. Орджоникидзе.
В последующие годы работал заместителем председателя исполкома Иркутского городского Совета народных депутатов по вопросам строительства, первым заместителем главы администрации Иркутска. Стоял у истоков создания, а в 1994 году и возглавил городское отделение Управления федерального казначейства Минфина России. В 1997 году был назначен вице-мэром Иркутска.
В ноябре 1997 года избран мэром Иркутска и депутатом Законодательного собрания Иркутской области. В 2000 году повторно избран депутатом, а в 2001 году — мэром города. 9 октября 2005 года был избран мэром Иркутска на третий срок.
9 октября 2009 года указом губернатора Иркутской области назначен членом Совета Федерации от исполнительной власти Иркутской области. 30 октября в связи с назначением ушёл в отставку с поста мэра Иркутска.
Является первым заместителем секретаря политсовета Иркутского областного отделения партии «Единая Россия», вице-президентом Ассоциации Сибирских и Дальневосточных Городов (АСДГ), членом правления Союза Российских городов, членом Президиума Муниципальной Академии Российской Федерации, где является действительным членом Академии (академиком). С июня 2002 года по ноябрь 2005 год возглавлял Ассоциацию муниципальных образований Иркутской области, а в настоящее время является заместителем председателя Ассоциации. С 2007 года — член Всемирного совета от Евроазиатского регионального отделения «Объединенные города и местные власти».
Женат. В семье трое детей — две дочери, сын. Две внучки.