В 1942 г. окончил среднюю школу в Новосибирске. По окончании школы планировал поступать в консерваторию по классу вокала.В том же году был призван в ряды Красной Армии.
В 1942—1945 гг. участвовал в боевых действиях в составе 3-го Украинского фронта.
В 1945 г. был демобилизован по ранению в шею. На этом о карьере певца можно было забыть. В этом же году поступил в Новосибирский медицинский институт. После его окончания остался в родном институте.
С 1950-го по 1964-й годы последовательно: ординатор, ассистент, доцент, профессор кафедры факультетской терапии, заведующий этой кафедрой
С 1964-го по 1971-й годы ректор Новосибирского медицинского института.
С 1969 г. - член-корреспондент АМН СССР, а с 1971 г. – действительный член АМН СССР.
Организатор фундаментальной медицинской науки в Сибири и на востоке страны, инициатор создания и первый руководитель Сибирского отделения Российской академии медицинских наук (Председатель Президиума СФ РАМН 1970—1980).
Первым и главным детищем В. П. Казначеева стал Институт клинической и экспериментальной медицины СФ АМН СССР, 1970—1998, на базе которого в разные годы сформировано шесть крупных институтов.
800 научных работ, в том числе 52 монографии, 15 изобретений и открытий.
Наиболее значимое — открытие «явления межклеточных дистантных электромагнитных взаимодействий в системе двух тканевых культур», суть которого заключалась в возможности передачи биологической информации от одной культуры клеток другой.
С 1970-х годов - автор и инициатор целого ряда исследований по проблеме адаптации человека к различным климатогеографическим и социально-производственным условиям.
Сформулировал концепцию “синдрома полярного напряжения”, в рамках которой удалось определить комплекс субмолекулярных, молекулярных, клеточных и системных изменений, возникающих в организме человека при воздействии на него экологических факторов Заполярья. Возглавлял на протяжении ряда лет Всесоюзный научный совет АМН по проблемам адаптации человека, а также секцию “Экология человека” Научного совета по биосфере АН СССР.
В начале 1990-х годов под руководством В.Казначеева в Институте экспериментальной медицины Сибирского отделения Академии наук проводились опыты по сверхчувственному восприятию, направленные на изучение т. н. эффекта зеркала Козырева. Согласно статье П. А. Зныкина, именно Казначеев и ввёл в широкое употребление термин зеркало Козырева.
Влаиль Казначеев — автор не подтвержденного медициной способа переноса «идеи» инсулина (вместо самого инсулина) в организм диабетика. Учёный также является сторонником псевдонаучных теорий о «торсионных полях».