Провела детство в Новосибирске, окончила гимназию в Тарту и Тартуский университет по специальности «библиограф». В 1957 году дебютировала на сцене университетского театра в оперетте Имре Кальмана «Фиалка Монмартра». Затем окончила Таллинскую консерваторию (класс Линды Сауль).
С 1964 года — солистка театра «Ванемуйне», с 1969 — Эстонского театра оперы и балета.
Среди партий в операх: Виолетта, Джильда, Маргарита, Лючия; Мария («Дочь полка» Доницетти), Альцина («Альцина» Генделя), Роксана («Сирано де Бержерак» Тамберга) и др. В опереттах Войтес выступала в ролях Розалинды, Адели («Летучая мышь» Штрауса).
Войтес выступает как камерная певица. Партнерами Маргариты Войтес по сцене были: Георг Отс, Хендрик Крумм, Иво Кууск и другие.
Член КПСС с 1966 по 1991.