Родился 19 апреля 1881 года в деревне Токари Брестского уезда Гродненской губернии (ныне Каменецкий район Брестской области Беларуси).
В 1911 году окончил Юрьевский (Тартуский) университет. В 1914—1921 годах работал преподавателем, главой педагогического совета Минского пединститута. В 1915 году в Ярославле создал культурно-просветительскую организацию эсэровского направления «Наш край» (в мае 1917 года преобразована в организацию «Молодая Беларусь» с ориентацией на БСГ).
После Февральской революции организовал Совет в Ярославле (с платформы левых эсэров). На июньской конференции БСГ 1917 года избран в ЦК. После раскола БСГ вошёл в ЦК Белорусской партии эсэров как представитель автономной организации «Молодая Беларусь» (1918).
Не поддержал Раду Белорусской Народной Республики, так как был недоволен пронемецкими настроениями её лидеров. Не верил ни в помощь Запада, ни в эсэровскую тактику одновременной борьбы и с поляками, и с коммунистами.
В январе 1919 года по инициативе Игнатовского «Молодая Беларусь» прерывает отношения с БПС-Р. Во время Советско-польской войны в январе 1920 года на базе «Молодой Беларуси» создал Белорусскую коммунистическую организацию (БКО), в качестве главы которой 31 июля 1920 года участвовал в подписании «Декларации о провозглашении Советской Социалистической Республики Беларусь».
C 16 июля 1920 года член ВРК ССРБ. В июле-августе БКО вошла в состав РКП(б). С декабря 1920 года занимал должности народного комиссара просвещения БССР.
Существуют неподтверждённые сведения, что во время пребывания Игнатовского в Саратовской губернии весной 1921 года он попал в плен к повстанцам Антонова.
Отказался участвовать в советской делегации при подписании Рижского мирного договора.
Сыграл важную роль в проведении политики белорусизации, был активным сторонником увеличения территории БССР, содействовал возвращению некоторых белорусских эмигрантов на родину.
В 1926 году глава, с 1927 года первый президент Института белорусской культуры, с декабря 1928 года президент Академии наук БССР, директор Института истории АН БССР.
Во время кампании против так называемого национал-демократизма в 1930 году был освобождён от должности президента АН БССР, как «кулацкий агент» вызывался на допросы ОГПУ, исключён из партии. Началась критика его исторических взглядов, травля. 4 февраля 1931 года окончил жизнь самоубийством. Похоронен на военном кладбище в Минске.
Занимался исследованием истории Беларуси. Научные труды Игнатовского послужили основой формирования национальной концепции истории белорусского народа с учётом марксистско-ленинской методологии. Наиболее полно эта концепция раскрыта в книге «Краткий очерк истории Беларуси» (1919), которая на долгое время стала учебником по истории Белоруссии. Также занимался историей Октябрьской революции и первых лет советской власти в Беларуси.
Именно Игнатовскому принадлежит идея разделения истории Белоруссии на 5 периодов:
Всего Игнатовским было написано более 40 научных и научно-публицистических статей, в том числе 8 монографий.