Родился в семье священника.
16 апреля 1931 года был арестован по обвинению в антисоветской деятельности и заключен в Бутырскую тюрьму. Проходил по групповому делу «Алексинского Ф. Н. и др. Москва. 1931 г.» Через три дня был освобождён за недоказанностью обвинения.
Весной 1937 года был назначен настоятелем московского Богоявленского кафедрального собора в Дорогомилове вместо арестованного протоиерея Александра Лебедева.
11 декабря 1937 года был арестован весь причт московского кафедрального Богоявленского собора в Дорогомилове, в том числе настоятель собора протоиерей Василий Ягодин и священник Александр Буравцев. На показания одного из лжесвидетелей отвечал:
Виновным в антисоветской агитации себя не признал.
«Тройка» УНКВД по Московской области постановлением от 20 декабря 1937 года приговорила протоиерея Василия к расстрелу по ст. 58 п. 10—11 за «руководство контрреволюционной фашистской группой церковников».
Расстрелян 22 декабря 1937 года вместе со священником Александром Буравцевым и погребён на Бутовском полигоне.
Причислен к лику святых новомучеников и исповедников Российских для общецерковного почитания Деянием Юбилейного Архиерейского Собора Русской Православной Церкви, проходившего 13—16 августа 2000 года в г. Москве.
День памяти: 9/22 декабря и в Соборе святых новомучеников и исповедников Российских.