Окончил Корочанскую Александровскую гимназию, Одесское пехотное юнкерское училище (1897), Николаевскую академию Генерального штаба (1904). Служил в 136-м пехотном Таганрогском полку, с 1897 — подпоручик, с 1901 — поручик, с 1904 — штабс-капитан. Участник русско-японской войны. В марте-июле 1905 — помощник старшего адъютанта штаба Одесского военного округа. В 1905—1908 — старший адъютант штаба 34-й пехотной дивизии (в январе 1906 — январе 1907 отбывал цензовое командование ротой в 136-м пехотном Таганрогском полку). С 1906 — капитан. В 1908—1909 — обер-офицер для особых поручений при штабе 2-го Кавказского армейского корпуса. С 1909 — подполковник.
В 1909—1911 — старший адъютант штаба 8-го армейского корпуса. В апреле-ноябре 1911 и в феврале-октябре 1912 — штаб-офицер для поручений при штабе Иркутского военного округа, в 1911—1912 — старший адъютант штаба Иркутского военного округа. В 1912—1914 — заведующий передвижением войск по железнодорожным и водным путям Иркутского района, с 1912 — полковник. В 1914 — начальник отделения Главного управления Генерального штаба.
Участник Первой мировой войны. С 1914 — командир 15-го пехотного Шлиссельбургского полка. С октября 1915 — командир 15-го стрелкового полка. В 1917 — начальник штаба 37-й пехотной дивизии. С 1917 — генерал-майор. За боевые отличия награждён орденом св. Георгия IV степени (1917) и Георгиевским оружием (1917).
С 30 августа 1917 — начальник штаба 34-го армейского корпуса (после «украинизации» корпуса — начальник штаба 1-го Украинского армейского корпуса). По его инициативе при корпусе была открыта офицерская школа. Генерал Сафонов был автором реализованного в ноябре-декабре 1917 плана по нейтрализации «большевизированных» воинских частей, наступавших на Киев. За короткое время подразделения Украинского корпуса заняли стратегически важные железнодорожные станции — Винницу, Жмеринку, Козятин, Бердичев, Белую Церковь и Фастов — и перекрыли путь большевикам на Киев с юга. «Красные» эшелоны перехватывались, разоружались и отправлялись в Советскую Россию. Однако недостаток сил не позволил войскам корпуса эффективно противостоять наступлению на Киев большевистских войск Михаила Муравьёва.
После занятия Киева большевиками взят в плен вместе с командиром корпуса генералом Яковом Гандзюком. После отказа перейти на службу к большевикам оба генерала были расстреляны.
Гетман Украины Павел Скоропадский (в 1917 — командир 34-го армейского корпуса) вспоминал о нём:
По словам украинского военного деятеля Михаила Середы,
Тинченко Я. Офiцерський корпус Армii Украiньскоi Народноi Республiки (1917—1921). Кн. 1. Киев, 2007. С. 388—389.