Родился и вырос в г. Острава в семье медиков. Окончил Университет Палацкого в Оломоуце по специальности английский и чешский язык. В студенческие годы публиковался в самиздате. Подружился с Яхимом Тополем. В 1984 два месяца стажировался в Великобритании. Занимался техническими переводами, затем полностью посвятил себя литературному творчеству. Переводил прозу Лавкрафта.
Для прозы Яна Балабана характерен жанр «экзистенциального рассказа» (точнее, цикла рассказов), повествующий о переломном моменте в жизни человека, «кризисе среднего возраста» и переоценке ценностей, как правило, во взаимоотношениях с окружающими людьми. Первым его литературным произведением стал цикл рассказов «Средневековье» задавший тон дальнейшему его творчеству и наметивший мотивы разочарования и избавления от иллюзий. Во втором сборнике рассказов «Божий канат» появляются автобиографические мотивы, в дальнейшем становящиеся характерными для текста Балабана. В следующем сборнике Балабан «Каникулы» на первый план выходит композиционная оригинальность, заключающаяся в идейно-тематической спаянности и однородности формально независимых рассказов (этот же прием используется и в «Возможно, мы уходим». В романах «Чёрный баран» и «Куда шёл ангел», наоборот, проявляется некая фрагментарность композиции.