Ян Ван-дер-Ваальс родился 23 ноября 1837 г. в семье Якобуса Ван-дер-Ваальса, плотника, и Элизабет Ван-дер-Ваальс (в девичестве Ван-ден-Бург).
После окончания школы Ван-дер-Ваальс работал учителем младшей школы в своём родном городе Лейден. Без получения допуска к учёбе в университете (Abitur, вольнослушатель), он посещал тем не менее с 1862 по 1865 гг. лекции и семинары в Лейденском университете. Таким образом ему удалось расширить свой сертификат учителя на области физики и математики в средней школе. С 1864 г. он занял должность учителя в Девентере. С 1866 г. работал в школе в Гааге, где впоследствии стал директором. После изменения законов у него появилась возможность продолжить обучение в университете. Удостоен Лейденским университетом учёной степени доктора философии в 1873 г. за диссертацию, признаваемую ныне классической: «Over de Continuiteit van den Gas — en vioeistoftoestand» (немецкий перевод появился в Лейпциге в 1881 г.). Джеймс Клерк Максвелл, сказал о работе Ван-дер-Ваальса: «Она сразу поставила его имя в один ряд с самыми выдающимися именами в науке».
С открытием Амстердамского университета (1877) занимает в нём профессуру физики, и работает там с 1877 по 1908 г.
Большая часть работ Ван-дер-Ваальса относится к области теоретической молекулярной физики. Он исследовал поведение молекул и занимался теориями, описывающими состояния материи. В 1869 году он открыл силы взаимодействия между молекулами, которые впоследствии были названы его именем — силы Ван-дер-Ваальса. В 1873 году в своей диссертации он развил модель, единообразно описывающую газообразную и жидкую фазы вещества. На основе этой модели он вывел уравнение состояния, показавшее, что при некоторой температуре исчезают различия в физических свойствах жидкости и её пара, находящихся в равновесии. При такой температуре, называемой критической, плотность жидкости и её насыщенного пара становятся одинаковыми и исчезает видимая граница между ними.
За это достижение Ван-дер-Ваальс получил в 1910 г. Нобелевскую премию по физике «за работу над уравнением состояния газов и жидкостей».