Сведений о жизни Зеленки сохранилось мало, неизвестна даже точная дата его рождения; но в церкви г. Лоуновице содержится запись о том, что 16 октября 1679 года в ней был крещен первенец местного кантора и органиста Зеленки. При крещении он был назван Яном Лукасом, позже было добавлено имя Дисмас.
Предполагают, что он учился музыке, в том числе — игре на скрипке, в иезуитском учебном центре Клементинум в Праге. С 1710 года играл на контрабасе в Дрезденской польской капелле короля Августа Сильного. Недолгое время работал также в Праге, в Вене, где в 1715 году изучал контрапункт под руководством Иоганна Фукса), в Венеции (1716—1717), где учился у А. Лотти. Есть предположение, что он занимался у Алессандро Скарлатти в Неаполе.
Вернулся в Германию в 1719 и остальную часть жизни провел в Дрездене, где служил в придворной капелле сначала вице-капельмейстером, затем дирижером. В 1735 году получил там звание церковного композитора.
Основной сферой композиторской деятельности Зеленки была церковная музыка; центральное место в его наследии занимают 20 месс. Он является автором ораторий, реквиемов, кантат, мотетов, псалмов, а также мелодрамы о святом Венцеславе (1723). Являясь католиком, Зеленка тем не менее в своих мотетах впервые обращается к чешским, а не к традиционным латинским текстам.
Его духовные сочинения ценили Телеман и Бах (по просьбе последнего его сын Вильгельм Фридеман сделал копию ре-мажорного Магнификата Зеленки), светских концертов и сонат. Произведения поздних лет не исполнялись при жизни композитора. После смерти его архив оказался собственностью королевского двора, копировать и издавать его произведения не разрешалось, и музыку Зеленки стали забывать; некоторые его рукописи погибли в годы Второй мировой войны.
Возрождение интереса исполнителей и публики к творчеству композитора началось на рубеже 50-60-х годов XX века, когда в Чехословакии были опубликованы все сохранившиеся инструментальные и некоторые духовные произведения Зеленки. Но настоящее признание пришло в 70-80-х годах: переломной здесь стала запись шести трио-сонат для двух гобоев и бассо континуо (фагот и чембало), сделанная в 1972 Хайнцем Холлигером и его коллегами.
Всего 23.Среди них:
Сегодня Зеленка — один из крупнейших композиторов центральноевропейского барокко, его духовные и светские произведения широко исполняются и записываются.