Ян Эвангелиста Пуркине родился в семье управляющего имуществом князя Дитрихштейна. Мать происходила из крестьян. Отец мальчика умер, когда Яну было всего 6 лет. В 1793—1797 годах он учится в чешской народной школе в родном городке, затем — в гимназии пиаристов в Моравии. Так как Пуркине был превосходным певцом и скрипачём, он получает оплачиваемое место в местном церковном хоре. Владея первоначально лишь чешским языком, вскоре он овладевает также древнегреческим и латынью. После окончания гимназии в 1804 году Пуркине вступает в орден пиаристов. В 1805 году он заканчивает курсы орденского преподавателя, после чего ведёт второй класс гимназии. В 1806 Пуркине был отправлен в орденский колледж в Восточной Чехии, где он изучает не только церковние дисциплины, но также и французский, и итальянский языки, а также немецкую философию (Кант, Фихте, Шеллинг). Всего же Пуркине владел 6 языками. В 1808 году он едет в Прагу, где изучает философию, а в 1813—18 годах — медицину, отдавая предпочтение анатомии и физиологии. После получения диплома работает внештатным ассистентом (прозектором) по предметам анатомии и физиологии.
В 1823 году, по настоянию начальника медуправления прусской армии Иоганна Непомука Руста, Пуркине приглашается на должность профессора физиологии и патологии в унверситет Бреслау (ныне Вроцлав). Главное внимание учёного в этот период уделяется физиологии зрения. 13 декабря 1823 года Пуркине встречается в Веймаре с Гёте, дружбу с которым он очень высоко ценил. После приобретения микроскопа в 1832 году и многочисленных переездов его «Физиологического института» Пуркине всё же в 1839 году удаётся создать настоящий экспериментально-физиологический институт в помещении бывшего университетского карцера. Получившие огромное научное значение диссертации учеников Я. Э. Пуркине (всего 14) были до 1839 года написаны, как правило, в его доме. А то скромное помещение в каземате университета, где расположилась лаборатория учёного, вскоре стала называться колыбелью современной европейской гистологии. В доме Пуркине жил и работал также Иоганн Непомук Чермак (в 1847—1849 годы).
В 1827 году учёный женится на Юлии Рудольфи, дочери берлинского анатома и физиолога Карла Асмунда Рудольфи. Обе дочери, родившиеся в этом браке, умерли во время эпидемии холеры в 1832 году. В 1834 умирает и Юлия Рудольфи-Пуркине.
В октябре 1849 года Я. Э. Пукрине приглашается в Прагу, где в это время создаётся Физиологический институт (открыт в 1851 году). Институт имел 4 больших и 4 малых микроскопа. Ассистентом в нём работал и И.Чермак (в 1850—1855 годах). После 1853 года Пуркине постепенно отходит от научной деятельности, занимаясь больше руководством института, изданием журнала Ziva (в 1853—1864 годах), а также участием в чешском национальном движении. Избранный в депутаты чешского парламента, Пуркине становится одним из вождей младочехов.
Я. Э. Пуркине издал более 80 сочинений на чешском, немецком и польском языках, в том числе и лирического характера (например, переводы стихотворений Ф.Шиллера). Был лауреатом множества научных премий разных стран Европы, членом около 40 научных и культурных академий и обществ.
В Бреслау Пуркине сперва изучал физиологию зрения, чувство осязания и феномен головокружения, обморока (Vertigo). В 1823 году он публикует свою работу, посвящённую отпечаткам пальцев, в 1833 году он открывает потовые железы, в 1829 описывает воздействие на организм человека камфоры, опиума и терпентина. Далее изучал цитологию растений, проводил гистологические исследования растений с использованием микроскопа. Занимался также фармакологией, физиологией, эмбриологией и антропологией. Основой научного познания считал наблюдение и эксперимент.
Пуркине принадлежит внедрение в научный обиход таких терминов, как энцим (1837), протоплазма (1840) и др. Помимо различных эпонимов в области физиологии органов чувств, именем Пуркине назван целый ряд анатомических терминов:
Я.Э. Пуркине был также изобретателем форолита (Phorolyt), прибора, позволяющего спроектировать на поверхность серию неподвижных или движущихся изображений.
Пуркине был борцом за культурную и политическую самостоятельность славянских народов, видел себя исполнителем и вдохновителем «славянской миссии», борцом за права польского народа, разделённого границами России, Австро-Венгрии и Пруссии. Сближение и объединение славянских народов Я. Э. Пуркине видел в создании единого общеславянского языка. Из-за своей прочешской и прославянской политической деятельности учёный был занесён в полицейский регистр Праги и Вены как «опасный индивидуум». Только всемирная слава исследователя и научное признание уберегло его от репрессий и преследования.
Основанный в 1991 году университет города Усти-над-Лабем был назван в честь Яна Эвангелиста Пуркине.