Основные научные работы посвящены исследованию строения и динамики Галактики и вопросам космогонии. В 1927 г. на основе статистического изучения лучевых скоростей и собственных движений звезд более строго обосновал гипотезу Б. Линдблада о вращении Галактики вокруг её центра. Показал, что Галактика вращается не как твердое тело — внутренние её части вращаются быстрее, скорость уменьшается с расстоянием от центра; определил величину эффекта дифференциального вращения (постоянная Оорта), скорость галактического вращения (220 км/с в окрестности Солнца) и период вращения (220 млн лет в окрестности Солнца). Работы Оорта положили начало изучению динамики Галактики.
Детально рассмотрел роль диффузного вещества в кинематической и динамической картине Галактики. В 1932 г. впервые оценил плотность диффузного межзвездного вещества с помощью z-компоненты скоростей звезд (перпендикулярной плоскости Галактики) и нашёл её предел — 3·1024 г/см?. В 1938 г. показал, что большая часть поглощающего вещества в Галактике сосредоточена в слое толщиной по 200 пк с обеих сторон галактической плоскости; показал также, что звездная плотность растет в направлении к галактическому центру и что Солнце расположено в области с пониженной звездной плотностью.
С появлением радиоастрономии продолжал изучение Галактики радиоастрономическими методами — участвовал в установлении крупномасштабной структуры, в исследованиях облаков межзвездного газа.
Оорт — автор теории протяжённого кометного облака, которое является источником наблюдаемых комет. Это облако простирается до расстояния 150 000 а. е. от Солнца, и кометы большую часть времени находятся вдали от Солнца и потому невидимы. Под влиянием возмущающего действия ближайших звезд скорости отдельных комет могут меняться настолько, что последние попадают в окрестности Солнца и становятся видимыми; здесь они в результате планетных возмущений меняют свои орбиты и могут становиться периодическими.
Совместно с Л. Спитцером предложил механизм образования протозвезд в межзвездных облаках (сжатие газа под действием давления излучения ранее образовавшихся горячих звезд). Совместно с X. ван де Хулстом разработал теорию образования межзвездных пылевых частиц путём аккреции межзвездного газа. Обнаружил, что излучение Крабовидной туманности поляризовано и имеет синхротронную природу.
Оорт во многом содействовал развитию радиоастрономии на европейском континенте: способствовал сооружению радиотелескопа в Вестерборке, а также Южной европейской обсерватории. В 1958—1961 гг.— президент Международного астрономического союза.
Названы в честь него
В фантастической юмористической повести-сказке братьев Стругацких «Понедельник начинается в субботу»: